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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cow | ||||||
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タイトル | BOVINE MITOCHONDRIAL F1-ATPASE COMPLEXED WITH AUROVERTIN B | ||||||
要素 | (BOVINE MITOCHONDRIAL F1- ...) x 3 | ||||||
キーワード | HYDROGEN ION TRANSPORT / ATP PHOSPHORYLASE / ATP SYNTHASE (ATP合成酵素) / F1F ATP SYNTHASE / F1-ATPASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Formation of ATP by chemiosmotic coupling / Cristae formation / mitochondrial proton-transporting ATP synthase, catalytic core / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex, catalytic sector F(1) / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / proton motive force-driven ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / ATP合成酵素 / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism ...Formation of ATP by chemiosmotic coupling / Cristae formation / mitochondrial proton-transporting ATP synthase, catalytic core / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex, catalytic sector F(1) / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / proton motive force-driven ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / ATP合成酵素 / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ADP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | van Raaij, M.J. / Abrahams, J.P. / Leslie, A.G.W. / Walker, J.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1996 タイトル: The structure of bovine F1-ATPase complexed with the antibiotic inhibitor aurovertin B. 著者: van Raaij, M.J. / Abrahams, J.P. / Leslie, A.G. / Walker, J.E. #1: ジャーナル: Nature / 年: 1994 タイトル: Structure at 2.8 A Resolution of F1-ATPase from Bovine Heart Mitochondria 著者: Abrahams, J.P. / Leslie, A.G. / Lutter, R. / Walker, J.E. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: Crystallization of F1-ATPase from Bovine Heart Mitochondria 著者: Lutter, R. / Abrahams, J.P. / Van Raaij, M.J. / Todd, R.J. / Lundqvist, T. / Buchanan, S.K. / Leslie, A.G. / Walker, J.E. #3: ジャーナル: Embo J. / 年: 1993 タイトル: Inherent Asymmetry of the Structure of F1-ATPase from Bovine Heart Mitochondria at 6.5 A Resolution 著者: Abrahams, J.P. / Lutter, R. / Todd, R.J. / Van Raaij, M.J. / Leslie, A.G. / Walker, J.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cow.cif.gz | 587.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1cow.ent.gz | 474.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cow.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/1cow ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/1cow | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-BOVINE MITOCHONDRIAL F1- ... , 3種, 7分子 ABCDEFG
#1: タンパク質 | 分子量: 55302.191 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIONミトコンドリア / 組織: MUSCLE骨格筋 / 参照: UniProt: P19483, EC: 3.6.1.34 #2: タンパク質 | 分子量: 51757.836 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIONミトコンドリア / 組織: MUSCLE骨格筋 / 参照: UniProt: P00829, EC: 3.6.1.34 #3: タンパク質 | | 分子量: 30185.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIONミトコンドリア / 組織: MUSCLE骨格筋 / 参照: UniProt: P05631, EC: 3.6.1.34 |
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-非ポリマー , 5種, 530分子
#4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | ChemComp-ANP / #6: 化合物 | ChemComp-ADP / | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | THE F1-ATPASE MOLECULE HAS THREE COPIES OF THE NON-CATALYTIC ALPHA SUBUNIT AND THREE COPIES OF THE ...THE F1-ATPASE MOLECULE HAS THREE COPIES OF THE NON-CATALYTIC ALPHA SUBUNIT AND THREE COPIES OF THE CATALYTIC BETA SUBUNIT. IN THE FIRST REFERENCE (ABRAHAMS ET AL., 1994), THE BETA SUBUNITS WERE LABELLED ACCORDING TO THE BOUND NUCLEOTIDE |
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配列の詳細 | RESIDUE NUMBERING: BY CONVENTION, THE FIFTH AMINO ACID (SERINE) IN THE BETA SUBUNITS (CHAINS D, E, ...RESIDUE NUMBERING: BY CONVENTION |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22-24 ℃ / pH: 7.2 / 手法: microdialysis / 詳細: Lutter, R., (1993) J.Mol.Biol., 229, 787. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年8月8日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 76643 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.075 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 3.1 Å / 最低解像度: 20 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3.1→20 Å /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.285 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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