+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cmy | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | THE MUTATION BETA99 ASP-TYR STABILIZES Y-A NEW, COMPOSITE QUATERNARY STATE OF HUMAN HEMOGLOBIN | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | OXYGEN TRANSPORT (血液) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / hemoglobin complex / 血液 / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / hemoglobin complex / 血液 / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / 血小板 / oxygen binding / 血圧 / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Smith, F.R. / Lattman, E.E. / Carter Junior, C.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 1991 タイトル: The mutation beta 99 Asp-Tyr stabilizes Y--a new, composite quaternary state of human hemoglobin. 著者: Smith, F.R. / Lattman, E.E. / Carter Jr., C.W. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cmy.cif.gz | 108.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1cmy.ent.gz | 84.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cmy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/1cmy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/1cmy | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
類似構造データ |
---|
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.03359, 0.98712, 0.1564), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15150.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905 #2: タンパク質 | 分子量: 15938.286 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68871 #3: 化合物 | ChemComp-HEM / |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.7 % | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | *PLUS pH: 6.7 / 手法: unknown詳細: room temperature under an atmosphere of carbon monoxide | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
---|---|
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 3 Å / Rmerge(I) obs: 0.088 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | Rfactor obs: 0.269 / 最高解像度: 3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 3 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 11006 / σ(I): 2 / Rfactor obs: 0.269 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |