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- PDB-1cij: HALOALKANE DEHALOGENASE SOAKED WITH HIGH CONCENTRATION OF BROMIDE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cij
タイトルHALOALKANE DEHALOGENASE SOAKED WITH HIGH CONCENTRATION OF BROMIDE
要素PROTEIN (HALOALKANE DEHALOGENASE)
キーワードHYDROLASE / DEHALOGENASE / COLLISION COMPLEX / ALPHA/BETA-HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


1,2-dichloroethane catabolic process / haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / response to toxic substance
類似検索 - 分子機能
Haloalkane dehalogenase, subfamily 1 / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / Haloalkane dehalogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthobacter autotrophicus (バクテリア)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ridder, I.S. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Crystallographic and kinetic evidence of a collision complex formed during halide import in haloalkane dehalogenase.
著者: Pikkemaat, M.G. / Ridder, I.S. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W. / Janssen, D.B.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1993
タイトル: Crystallographic analysis of the catalytic mechanism of haloalkane dehalogenase.
著者: Verschueren, K.H. / Seljee, F. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Refined X-ray structures of haloalkane dehalogenase at pH 6.2 and pH 8.2 and implications for the reaction mechanism.
著者: Verschueren, K.H. / Franken, S.M. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W.
#3: ジャーナル: Embo J. / 年: 1991
タイトル: Crystal structure of haloalkane dehalogenase: an enzyme to detoxify halogenated alkanes.
著者: Franken, S.M. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988
タイトル: Crystallization of haloalkane dehalogenase from Xanthobacter autotrophicus GJ10.
著者: Rozeboom, H.J. / Kingma, J. / Janssen, D.B. / Dijkstra, B.W.
履歴
登録1999年3月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.42019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (HALOALKANE DEHALOGENASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4014
ポリマ－35,1621
非ポリマー2403
水2,882160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.407, 71.964, 40.968
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN (HALOALKANE DEHALOGENASE) / DHLA


分子量: 35161.770 Da / 分子数: 1 / 変異: I2V / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: BROMIDE ION
由来: (組換発現) Xanthobacter autotrophicus (バクテリア)
株: GJ10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22643, haloalkane dehalogenase
#2: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細DISCREPANCY AT 2 IS DUE TO EXPRESSION SYSTEM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 34 %
結晶化pH: 5.8
詳細: 50 % AMMONIUM SULFATE 100 MM MES BUFFER, PH 5.9 , pH 5.8
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 5.9 / PH range high: 5.7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15.5 mg/mlprotein1drop
2100 mMMES1drop
347-53 %ammonium sulfate1reservoir
4100 mMMES1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAC Science DIP-2030 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年12月24日 / 詳細: DOUBLE MIRRORS (MAC-XOS)
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 12688 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 19.5 Å2 / Rsym value: 0.108 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.363 / % possible all: 98.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 34688 / Rmerge(I) obs: 0.108
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.2 % / Rmerge(I) obs: 0.363

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.843精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: PDB ENTRY 1BE0

1be0


解像度: 2.3→20 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.0001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED
交差検証法: THROUGHOUT, EXCEPT LAST STEP IN WHICH ALL DATA (WORK+TEST SET) WERE USED
σ(F): 0
詳細: THE VALUES LISTED AS WORKING IN REMARK 3 APPLY TO THE LAST CYCLE OF THE REFINEMENT IN WHICH ALL DATA (WORK + FREE) WERE USED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 1000 7.8 %RANDOM EXTENSION OF SET USED FOR 1BE0 MODEL
Rwork0.226 ---
obs-11923 93.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 16.2 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2478 0 3 160 2641
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.831.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it4.182
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it4.12
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it5.552.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 125 8.8 %
Rwork0.305 1299 -
obs--90.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.WATTOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 7.8 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 16.2 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.363 / % reflection Rfree: 8.8 % / Rfactor Rwork: 0.305

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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