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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cgw | |||||||||
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タイトル | SITE DIRECTED MUTATIONS OF THE ACTIVE SITE RESIDUE TYROSINE 195 OF CYCLODEXTRIN GLYCOSYLTRANSFERASE FROM BACILLUS CIRCULANS STRAIN 251 AFFECTING ACTIVITY AND PRODUCT SPECIFICITY | |||||||||
要素 | CYCLOMALTODEXTRIN GLUCANOTRANSFERASE | |||||||||
キーワード | GLYCOSYLTRANSFERASE (グリコシルトランスフェラーゼ) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cyclomaltodextrin glucanotransferase / cyclomaltodextrin glucanotransferase activity / starch binding / alpha-amylase activity / carbohydrate metabolic process / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bacillus circulans (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Strokopytov, B.V. / Dijkstra, B.W. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995 タイトル: Site-directed mutations in tyrosine 195 of cyclodextrin glycosyltransferase from Bacillus circulans strain 251 affect activity and product specificity. 著者: Penninga, D. / Strokopytov, B. / Rozeboom, H.J. / Lawson, C.L. / Dijkstra, B.W. / Bergsma, J. / Dijkhuizen, L. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: Nucleotide Sequence and X-Ray Structure of Cyclodextrin Glycosyltransferase from Bacillus Circulans Strain 251 in a Maltose-Dependent Crystal Form 著者: Lawson, C.L.L. / Van Montfort, R. / Strokopytov, B. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / De Vries, G.E. / Penninga, D. / Dijkhuizen, L. / Dijkstra, B.W. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990 タイトル: Maltodextrin-Dependent Crystallization of Cyclomaltodextrin Glucanotransferase from Bacillus Circulans 著者: Lawson, C.L.L. / Bergsma, J. / Bruinenberg, P.M. / De Vries, G.E. / Dijkhuizen, L. / Dijkstra, B.W. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cgw.cif.gz | 145.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1cgw.ent.gz | 116.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cgw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/1cgw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/1cgw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 372 / 2: CIS PROLINE - PRO 506 / 3: CIS PROLINE - PRO 624 / 4: CIS PROLINE - PRO 634 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 74469.359 Da / 分子数: 1 / 変異: Y195G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus circulans (バクテリア) 参照: UniProt: P43379, cyclomaltodextrin glucanotransferase | ||||||
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#2: 多糖 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE SEQUENCE OF CGTASE OF THIS ENTRY HAS BEEN ENTERED AS X78145 BC251CGT IN THE EMBL SEQUENCE DATA BASE. | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.24 % |
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 |
-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.53 Å / 最低解像度: 29 Å / Num. obs: 27835 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(I): 2.2 / Num. measured all: 95261 / Rmerge(I) obs: 0.078 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.53 Å / 最低解像度: 2.58 Å / % possible obs: 30.9 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→20 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.16 / 最高解像度: 2.53 Å / 最低解像度: 29 Å | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 26.1 Å2 | ||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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