+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cf7 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | STRUCTURAL BASIS OF DNA RECOGNITION BY THE HETERODIMERIC CELL CYCLE TRANSCRIPTION FACTOR E2F-DP | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION/DNA / E2F / DP / WINGED-HELIX / DNA-BINDING DOMAIN (DNA結合ドメイン) / TRANSCRIPTION FACTOR (転写因子) / CELL CYCLE (細胞周期) / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / : / multi-ciliated epithelial cell differentiation / centriole assembly / motile cilium assembly / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / negative regulation of G0 to G1 transition / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / cell volume homeostasis ...: / : / multi-ciliated epithelial cell differentiation / centriole assembly / motile cilium assembly / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / negative regulation of G0 to G1 transition / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / cell volume homeostasis / 循環器 / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / DNA-binding transcription activator activity / G1/S-Specific Transcription / epithelial cell development / Transcriptional Regulation by E2F6 / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / transcription factor binding / G0 and Early G1 / Cyclin E associated events during G1/S transition / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / promoter-specific chromatin binding / animal organ morphogenesis / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Oncogene Induced Senescence / 紡錘体 / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Transcriptional regulation of granulopoiesis / RNA polymerase II transcription regulator complex / Cyclin D associated events in G1 / sequence-specific double-stranded DNA binding / regulation of cell population proliferation / heart development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Oxidative Stress Induced Senescence / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / 細胞周期 / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / negative regulation of DNA-templated transcription / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ミトコンドリア / DNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Zheng, N. / Fraenkel, E. / Pabo, C.O. / Pavletich, N.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Genes Dev. / 年: 1999 タイトル: Structural basis of DNA recognition by the heterodimeric cell cycle transcription factor E2F-DP. 著者: Zheng, N. / Fraenkel, E. / Pabo, C.O. / Pavletich, N.P. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1cf7.cif.gz | 61.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1cf7.ent.gz | 42.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1cf7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/1cf7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/1cf7 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 4886.160 Da / 分子数: 1 / 断片: ADENOVIRUS TYPE 5 E2 PROMOTER E2F-BINDING SITE / 由来タイプ: 合成 |
---|---|
#2: DNA鎖 | 分子量: 4909.235 Da / 分子数: 1 / 断片: ADENOVIRUS TYPE 5 E2 PROMOTER E2F-BINDING SITE / 由来タイプ: 合成 |
#3: タンパク質 | 分子量: 8352.729 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA-BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PGEX-4T3 / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3) / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16254 |
#4: タンパク質 | 分子量: 10836.347 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA-BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PGEX-4T3 / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3) / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14188 |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.83 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / pH: 6 詳細: 14-16% PEG 400, 25MM NACL, 50MM MES, 10MM DTT, PH=6.0, 4 DEGREES C, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 127 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 1.1548 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1548 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 12901 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 2.6 % / Rsym value: 5.4 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 41452 / Rmerge(I) obs: 0.054 |
-解析
ソフトウェア | 名称: CNS / バージョン: 0.3A / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.6→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→15 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS バージョン: 0.3A / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 15 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.229 / Rfactor Rfree: 0.283 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|