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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bzz | ||||||
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タイトル | HEMOGLOBIN (ALPHA V1M) MUTANT | ||||||
要素 |
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キーワード | OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / OXYGEN TRANSPORT (血液) / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / hemoglobin complex / 血液 / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / hemoglobin complex / 血液 / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / 血小板 / oxygen binding / 血圧 / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / その他 / 解像度: 1.59 Å | ||||||
データ登録者 | Kavanaugh, J.S. / Arnone, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999 タイトル: Structural and functional properties of human hemoglobins reassembled after synthesis in Escherichia coli. 著者: Hui, H.L. / Kavanaugh, J.S. / Doyle, M.L. / Wierzba, A. / Rogers, P.H. / Arnone, A. / Holt, J.M. / Ackers, G.K. / Noble, R.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bzz.cif.gz | 128.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bzz.ent.gz | 100.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bzz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/1bzz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/1bzz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15182.419 Da / 分子数: 2 / 変異: V1M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: SYNTHETIC ALPHA GLOBIN GENE; / Cell: RED BLOOD CELL / 遺伝子: HUMAN ALPHA GLOBIN / 遺伝子 (発現宿主): HUMAN ALPHA GLOBIN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69905 #2: タンパク質 | 分子量: 15890.198 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: SYNTHETIC ALPHA GLOBIN GENE / Cell: RED BLOOD CELL / 遺伝子: HUMAN ALPHA GLOBIN / 遺伝子 (発現宿主): HUMAN ALPHA GLOBIN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68871 #3: 化合物 | ChemComp-HEM / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % 解説: HBA STRUCTURE IN PDB FILE 1BZ0 WAS USED AS THE STARTING MODEL FOR RIGID BODY REFINEMENT WITH X-PLOR FOLLOWED BY LEAST-SQUARES REFINEMENT WITH PROLSQ. |
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結晶化 | pH: 7 詳細: 2.3 M AMMONIUM SULFATE 0.3 M AMMONIUM PHOSPHATE PH 6.5 10 MM FERROUS CITRATE, pH 7.0 |
結晶 | *PLUS |
結晶化 | *PLUS 手法: microdialysis |
溶液の組成 | *PLUS 濃度: 10 mM / 一般名: ammonium phosphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1992年9月25日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.59→25 Å / Num. obs: 64636 / % possible obs: 88.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.0477 / Rsym value: 0.05477 / Net I/σ(I): 16.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.59→1.72 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1532 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0.1532 / % possible all: 73.4 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 448711 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 73.4 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: その他 開始モデル: HBA STRUCTURE, PDB FILE 1BZ0. 解像度: 1.59→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 詳細: THE STARTING MODEL FOR REFINEMENT WAS THE HBA STRUCTURE IN PDB FILE 1BZ0. RIGID BODY REFINEMENT WITH X-PLOR WAS FOLLOWED BY LEAST-SQUARES REFINEMENT WITH PROLSQ
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原子変位パラメータ | Biso mean: 20.42 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.59→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.163 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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