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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bzr | ||||||
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タイトル | ATOMIC RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF NATIVE DEOXY AND CO MYOGLOBIN FROM SPERM WHALE AT ROOM TEMPERATURE | ||||||
要素 | PROTEIN (MYOGLOBIN) | ||||||
キーワード | OXYGEN STORAGE / CARBONMONOXY MYOGLOBIN / ATOMIC RESOLUTION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / 筋形質 / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / peroxidase activity / oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Physeter catodon (マッコウクジラ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å | ||||||
データ登録者 | Kachalova, G.S. / Popov, A.N. / Bartunik, H.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 1999 タイトル: A steric mechanism for inhibition of CO binding to heme proteins. 著者: Kachalova, G.S. / Popov, A.N. / Bartunik, H.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bzr.cif.gz | 89.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bzr.ent.gz | 66.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bzr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/1bzr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/1bzr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17234.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physeter catodon (マッコウクジラ) / 組織: MUSCLE骨格筋 / 参照: UniProt: P02185 | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-HEM / | #4: 化合物 | ChemComp-CMO / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.25 % |
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結晶化 | pH: 5.9 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M POTASSIUM PHOSPHATE, pH 5.9 |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.9 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年4月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.15→20 Å / Num. obs: 46002 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 23.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.15→1.2 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 95.3 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 202454 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95.3 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4MBN 解像度: 1.15→12 Å / Num. parameters: 13701 / Num. restraintsaints: 17138 / σ(F): 0 StereochEM target val spec case: HEME - PARAMETERS BASED ON CSD 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: NO GEOMETRIC RESTRAINTS APPLIED TO IRON ATOM AND HEME PLANARITY
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 40 / Occupancy sum hydrogen: 1156.6 / Occupancy sum non hydrogen: 1422.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.15→12 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-96 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rwork: 0.124 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |