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万見
- PDB-1bwz: DIAMINOPIMELATE EPIMERASE FROM HEMOPHILUS INFLUENZAE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bwz
タイトルDIAMINOPIMELATE EPIMERASE FROM HEMOPHILUS INFLUENZAE
要素PROTEIN (DIAMINOPIMELATE EPIMERASE)
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / METABOLIC ROLE / STRUCTURAL CLASSIFICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


ジアミノピメリン酸エピメラーゼ / diaminopimelate epimerase activity / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Diaminopimelate epimerase, active site / Diaminopimelate epimerase signature. / Diaminopimelate epimerase, DapF / ジアミノピメリン酸エピメラーゼ / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ジアミノピメリン酸エピメラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Cirilli, M. / Zheng, R. / Scapin, G. / Blanchard, J.S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Structural symmetry: the three-dimensional structure of Haemophilus influenzae diaminopimelate epimerase.
著者: Cirilli, M. / Zheng, R. / Scapin, G. / Blanchard, J.S.
履歴
登録1998年9月29日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (DIAMINOPIMELATE EPIMERASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2961
ポリマ－30,2961
非ポリマー00
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.100, 115.400, 66.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (DIAMINOPIMELATE EPIMERASE) / E.C.5.1.1.7 ISOMERASE / DAP EPIMERASE


分子量: 30295.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
遺伝子: DAPF / プラスミド: PET 23A(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): DAPF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P44859, ジアミノピメリン酸エピメラーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 62 %
結晶化
*PLUS
温度: 15 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mg/mlprotein1drop
225 mMHEPES1droppH7.5
30.05 %1dropNaN3
41 Msodium acetate1reservoir
50.1 Msodium cacodylate1reservoirpH6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 288 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.72→23.79 Å / Num. obs: 9691 / % possible obs: 89.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 11.61
反射 シェル解像度: 2.72→2.83 Å / 冗長度: 1.6 % / Mean I/σ(I) obs: 10.89 / Rsym value: 0.061 / % possible all: 51.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 33313 / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 51.6 % / Rmerge(I) obs: 0.145 / Mean I/σ(I) obs: 6.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-GENデータスケーリング
X-GENデータ削減
X-PLOR3.851精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.72→23.79 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 -7 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.19 9411 86.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.72→23.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2117 0 0 29 2146
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg0.825
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.59
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARAM19X.PR / Topol file: TOPH19X.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 2 / % reflection Rfree: 7 % / Rfactor obs: 0.19 / Rfactor Rwork: 0.19
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.59

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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