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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1br4 | ||||||
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タイトル | SMOOTH MUSCLE MYOSIN MOTOR DOMAIN-ESSENTIAL LIGHT CHAIN COMPLEX WITH MGADP.BEF3 BOUND AT THE ACTIVE SITE | ||||||
要素 | (MYOSINミオシン) x 2 | ||||||
キーワード | MUSCLE PROTEIN (骨格筋) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 myosin II filament / myofibril assembly / elastic fiber assembly / myosin light chain binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / muscle myosin complex / myosin II binding / ミオフィラメント / myosin filament / actomyosin structure organization ...myosin II filament / myofibril assembly / elastic fiber assembly / myosin light chain binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / muscle myosin complex / myosin II binding / ミオフィラメント / myosin filament / actomyosin structure organization / myosin II complex / cardiac muscle cell development / structural constituent of muscle / microfilament motor activity / myofibril / myosin heavy chain binding / smooth muscle contraction / ADP binding / actin filament binding / actin binding / calmodulin binding / calcium ion binding / magnesium ion binding / ATP binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.62 Å | ||||||
データ登録者 | Dominguez, R. / Trybus, K.M. / Cohen, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1998 タイトル: Crystal structure of a vertebrate smooth muscle myosin motor domain and its complex with the essential light chain: visualization of the pre-power stroke state. 著者: Dominguez, R. / Freyzon, Y. / Trybus, K.M. / Cohen, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1br4.cif.gz | 671 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1br4.ent.gz | 544.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1br4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/1br4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/1br4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
-タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH
#1: タンパク質 | 分子量: 93697.180 Da / 分子数: 4 断片: CHAINS A, C, E, G, MOTOR DOMAIN, CHAINS B, D, F, H, ESSENTIAL LIGHT 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MG, ADP, BEF(3) / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: SMOOTH MUSCLE平滑筋 / 細胞株: SF9 / 器官: GIZZARD / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P10587, EC: 3.6.1.32 #2: タンパク質 | 分子量: 16873.025 Da / 分子数: 4 断片: CHAINS A, C, E, G, MOTOR DOMAIN, CHAINS B, D, F, H, ESSENTIAL LIGHT 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MG, ADP, BEF(3) / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: SMOOTH MUSCLE平滑筋 / 細胞株: SF9 / 器官: GIZZARD / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P02607, EC: 3.6.1.32 |
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-非ポリマー , 4種, 20分子
#3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-ADP / #5: 化合物 | ChemComp-BEF / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 7.2 詳細: 1.8M AMMONIUM SULFATE 100MM HEPES PH 7.2 2MM MGADP 2MM AL(NO3)3 8MM NAF PROTEIN CONCENTRATION: 10MG/ML TEMPERATURE: 4 DEGREES CENTIGRADE, temperature 277K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.905 |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 1997年7月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.905 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.62→20 Å / Num. obs: 75979 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 6.3 % / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 13.7 |
反射 シェル | 解像度: 3.62→3.9 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / Rsym value: 0.331 / % possible all: 94.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 478668 / Rmerge(I) obs: 0.111 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 94.2 % / Rmerge(I) obs: 0.331 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: SMOOTH MUSCLE MOTOR DOMAIN 解像度: 3.62→10 Å / Data cutoff high absF: 0 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 48.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.62→10 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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