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万見
- PDB-1bn7: HALOALKANE DEHALOGENASE FROM A RHODOCOCCUS SPECIES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bn7
タイトルHALOALKANE DEHALOGENASE FROM A RHODOCOCCUS SPECIES
要素HALOALKANE DEHALOGENASE
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / DEHALOGENASE / ALPHA/BETA-HYDROLASE / DHLA (ジヒドロリポ酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity
類似検索 - 分子機能
Haloalkane dehalogenase, subfamily 2 / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / Haloalkane dehalogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Newman, J. / Peat, T.S. / Richard, R. / Kan, L. / Swanson, P.E. / Affholter, J.A. / Holmes, I.H. / Schindler, J.F. / Unkefer, C.J. / Terwilliger, T.C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Haloalkane dehalogenases: structure of a Rhodococcus enzyme.
著者: Newman, J. / Peat, T.S. / Richard, R. / Kan, L. / Swanson, P.E. / Affholter, J.A. / Holmes, I.H. / Schindler, J.F. / Unkefer, C.J. / Terwilliger, T.C.
履歴
登録1998年7月31日処理サイト: BNL
改定 1.02000年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HALOALKANE DEHALOGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4262
ポリマ－33,3671
非ポリマー591
水6,648369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.630, 79.890, 42.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 HALOALKANE DEHALOGENASE /


分子量: 33367.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus sp. (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P59336, haloalkane dehalogenase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.8 %
結晶化pH: 5.5 / 詳細: pH 5.50
結晶化
*PLUS
温度: 8 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-SO41drop
325 %PEG15001reservoir
40.1 MMES1reservoir
50.3 Msodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.8157
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8157 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 52882 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 12.6 Å2 / Rsym value: 0.032 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 1.48→1.56 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 7.9 / Rsym value: 0.093 / % possible all: 87.5
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.032
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87.5 % / Rmerge(I) obs: 0.093

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.3精密化
SOLVE位相決定
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS0.3位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.5→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: MLF
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.178 2593 5 %RANDOM
Rwork0.158 ---
obs0.158 51658 98.4 %-
溶媒の処理Bsol: 55.7 Å2 / ksol: 0.41 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 11.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2 Å20 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.23 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.15 Å0.13 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.08 Å0.04 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2310 0 4 369 2683
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.31
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.261.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it0.452
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it0.182
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it0.312.5
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.198 449 5.4 %
Rwork0.16 7939 -
obs--97.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ACT.PARAMACT.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: MLF / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 51664 / Rfactor obs: 0.159 / Rfactor Rfree: 0.179 / Rfactor Rwork: 0.159
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.79
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.31

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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