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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1blz | ||||||
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タイトル | ISOPENICILLIN N SYNTHASE FROM ASPERGILLUS NIDULANS (ACV-FE-NO COMPLEX) | ||||||
要素 | ISOPENICILLIN N SYNTHASEイソペニシリンNシンターゼ | ||||||
キーワード | B-LACTAM ANTIBIOTIC (Β-ラクタム系抗生物質) / OXYGENASE (酸素添加酵素) / PENICILLIN BIOSYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 イソペニシリンNシンターゼ / isopenicillin-N synthase activity / penicillin biosynthetic process / L-ascorbic acid binding / iron ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Emericella nidulans (アスペルギルス・ニデュランス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å | ||||||
データ登録者 | Roach, P.L. / Clifton, I.J. / Hensgens, C.M.H. / Shibata, N. / Schofield, C.J. / Hajdu, J. / Baldwin, J.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 1997 タイトル: Structure of isopenicillin N synthase complexed with substrate and the mechanism of penicillin formation. 著者: Roach, P.L. / Clifton, I.J. / Hensgens, C.M. / Shibata, N. / Schofield, C.J. / Hajdu, J. / Baldwin, J.E. #1: ジャーナル: Nature / 年: 1995 タイトル: Crystal Structure of Isopenicillin N Synthase is the First from a New Structural Family of Enzymes 著者: Roach, P.L. / Clifton, I.J. / Fulop, V. / Harlos, K. / Barton, G.J. / Hajdu, J. / Andersson, I. / Schofield, C.J. / Baldwin, J.E. #2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1995 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies on Recombinant Isopenicillin N Synthase from Aspergillus Nidulans 著者: Roach, P.L. / Schofield, C.J. / Baldwin, J.E. / Clifton, I.J. / Hajdu, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1blz.cif.gz | 78.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1blz.ent.gz | 60.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1blz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/1blz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/1blz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37563.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Emericella nidulans (アスペルギルス・ニデュランス) 遺伝子: PCB C / プラスミド: PJB703 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NM554 / 参照: UniProt: P05326 |
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#2: 化合物 | ChemComp-FE / |
#3: 化合物 | ChemComp-ACV / |
#4: 化合物 | ChemComp-NO / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % | |||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.5 / 詳細: pH 8.5 | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 17 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Roach, P.L., (1996) Eur. J. Biochem., 242, 736. | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID2 / 波長: 0.99 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年12月1日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→25 Å / Num. obs: 80233 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 3.21 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 25.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.35 Å / 冗長度: 3.04 % / Rmerge(I) obs: 0.318 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 93.2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.45 Å / 最低解像度: 22 Å / Num. obs: 50924 / % possible obs: 92 % / Num. measured all: 180036 / Rmerge(I) obs: 0.082 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.45 Å / 最低解像度: 1.49 Å / % possible obs: 85.8 % / Num. unique obs: 3298 / Num. measured obs: 10327 / Rmerge(I) obs: 0.519 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1IPS 解像度: 1.45→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.2054 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |