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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bh6 | ||||||
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タイトル | SUBTILISIN DY IN COMPLEX WITH THE SYNTHETIC INHIBITOR N-BENZYLOXYCARBONYL-ALA-PRO-PHE-CHLOROMETHYL KETONE | ||||||
要素 | SUBTILISIN DY | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / SUBTILISIN (サブチリシン) / PROTEIN DEGRADATION (タンパク質分解) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 サブチリシン / sporulation resulting in formation of a cellular spore / serine-type endopeptidase activity / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus licheniformis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Eschenburg, S. / Genov, N. / Wilson, K.S. / Betzel, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1998 タイトル: Crystal structure of subtilisin DY, a random mutant of subtilisin Carlsberg. 著者: Eschenburg, S. / Genov, N. / Peters, K. / Fittkau, S. / Stoeva, S. / Wilson, K.S. / Betzel, C. #1: ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 1993 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Subtilisin Dy, a Natural Mutant of Subtilisin Carlsberg 著者: Betzel, C. / Visanji, M. / Eschenburg, S. / Wilson, K.S. / Peters, K. / Fittkau, S. / Singh, T.P. / Genov, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bh6.cif.gz | 64.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bh6.ent.gz | 49.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bh6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/1bh6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/1bh6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1cseS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27499.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: X-IRRADIATED JAPANESE STRAIN OF BACILLUS LICHENIFORMIS 由来: (天然) Bacillus licheniformis (バクテリア) / Variant: DY / 参照: UniProt: P00781, サブチリシン |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 化合物 | ChemComp-NA / |
#4: 化合物 | ChemComp-1BH / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 / 詳細: AS GIVEN IN REFERENCE 1, pH 6.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 16 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 278 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.92 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年2月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→10 Å / Num. obs: 22887 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Rsym value: 0.03 / Net I/σ(I): 23 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.79 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Mean I/σ(I) obs: 14 / Rsym value: 0.052 / % possible all: 92.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 101587 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 92.2 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1CSE 解像度: 1.75→10 Å / σ(F): 0 /
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Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.12 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→10 Å
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拘束条件 |
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