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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bcs | |||||||||
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タイトル | COMPLEX OF THE WHEAT SERINE CARBOXYPEPTIDASE, CPDW-II, WITH THE MICROBIAL PEPTIDE ALDEHYDE INHIBITOR, CHYMOSTATIN, AND ARGININE AT 100 DEGREES KELVIN | |||||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / MICROBIAL PEPTIDE ALDEHYDE INHIBITOR / COMPLEX (SERINE PROTEASE-INHIBITOR) COMPLEX / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Triticum aestivum (コムギ) Streptomyces hygroscopicus (バクテリア) MC521-C8 | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.08 Å | |||||||||
データ登録者 | Bullock, T.L. / Remington, S.J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996 タイトル: Peptide aldehyde complexes with wheat serine carboxypeptidase II: implications for the catalytic mechanism and substrate specificity. 著者: Bullock, T.L. / Breddam, K. / Remington, S.J. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994 タイトル: Structure of the Complex of L-Benzylsuccinate with Wheat Serine Carboxypeptidase at 2.0 Angstrom Resolution 著者: Bullock, T.L. / Branchaud, B. / Remington, S.J. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992 タイトル: Refined Atomic Model of Wheat Serine Carboxypeptidase II at 2.2 Angstrom Resolution 著者: Liao, D.I. / Breddam, K. / Sweet, R.M. / Bullock, T. / Remington, S.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bcs.cif.gz | 104.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bcs.ent.gz | 81.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bcs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1bcs_validation.pdf.gz | 585.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1bcs_full_validation.pdf.gz | 610.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1bcs_validation.xml.gz | 15.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1bcs_validation.cif.gz | 23.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/1bcs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/1bcs | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO A 43 / 2: CIS PROLINE - PRO A 54 / 3: CIS PROLINE - PRO A 96 |
-要素
-SERINE CARBOXYPEPTIDASE ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 29180.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 組織: WHEAT GERM / 参照: UniProt: P08819, carboxypeptidase D |
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#2: タンパク質 | 分子量: 17995.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 組織: WHEAT GERM / 参照: UniProt: P08819, carboxypeptidase D |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C
#3: タンパク質・ペプチド | |
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-糖 , 3種, 3分子
#4: 多糖 | alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#5: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#7: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 4種, 387分子
#6: 化合物 | ChemComp-ARG / |
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#8: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#9: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#10: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.11 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 4 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 波長: 1.54 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 冗長度: 2.75 % / Rmerge(I) obs: 0.04 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / Num. obs: 46630 / % possible obs: 81 % / Num. measured all: 127152 / Rmerge(I) obs: 0.04 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 2.2 Å / % possible obs: 23 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.08→33 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.08→33 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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