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- PDB-1bc9: CYTOHESIN-1/B2-1 SEC7 DOMAIN, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bc9
タイトルCYTOHESIN-1/B2-1 SEC7 DOMAIN, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
要素CYTOHESIN-1
キーワードEXCHANGE FACTOR / INTEGRIN BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of ARF protein signal transduction / Intra-Golgi traffic / establishment of epithelial cell polarity / bicellular tight junction / regulation of cell adhesion / vesicle-mediated transport / guanyl-nucleotide exchange factor activity / 接着結合 / cytoplasmic side of plasma membrane / ゴルジ体 ...regulation of ARF protein signal transduction / Intra-Golgi traffic / establishment of epithelial cell polarity / bicellular tight junction / regulation of cell adhesion / vesicle-mediated transport / guanyl-nucleotide exchange factor activity / 接着結合 / cytoplasmic side of plasma membrane / ゴルジ体 / lipid binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Arf Nucleotide-binding Site Opener; domain 2 / Arf Nucleotide-binding Site Opener,domain 2 / Annexin V; domain 1 - #20 / Sec7 domain / Sec7, C-terminal domain superfamily / Sec7 domain superfamily / Sec7 domain / SEC7 domain profile. / Sec7 domain / Annexin V; domain 1 ...Arf Nucleotide-binding Site Opener; domain 2 / Arf Nucleotide-binding Site Opener,domain 2 / Annexin V; domain 1 - #20 / Sec7 domain / Sec7, C-terminal domain superfamily / Sec7 domain superfamily / Sec7 domain / SEC7 domain profile. / Sec7 domain / Annexin V; domain 1 / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Betz, S.F. / Schnuchel, A. / Wang, H. / Olejniczak, E.T. / Meadows, R.P. / Fesik, S.W.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998
タイトル: Solution structure of the cytohesin-1 (B2-1) Sec7 domain and its interaction with the GTPase ADP ribosylation factor 1.
著者: Betz, S.F. / Schnuchel, A. / Wang, H. / Olejniczak, E.T. / Meadows, R.P. / Lipsky, B.P. / Harris, E.A. / Staunton, D.E. / Fesik, S.W.
履歴
登録1998年5月6日処理サイト: BNL
改定 1.01999年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOHESIN-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3891
ポリマ－23,3891
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 287MINIMIZED AVERAGE
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 CYTOHESIN-1 / B2-1 / SEC7 HOMOLOG B2-1


分子量: 23388.758 Da / 分子数: 1 / 断片: SEC7 DOMAIN, / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: BL21 / 遺伝子: B2-1 / 器官: SPLEEN / プラスミド: PET-20B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): B2-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q15438

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111HNCA
121HN(CO)CA
131HN(CA)CB
141HN (COCA)CB
151HNCO
161HN(CA)CO
171(H)CCH-TOCSY
18113C-NOESY
19115N-NOESY
1101HNHA-J
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED CYTOHESIN-1 SEC7 DOMAIN.

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試料調製

詳細内容: 20 MM NAPI, 150 MM (NH4)2SO4, 3MM DTT, 10% D2O
試料状態イオン強度: 0.47 M / pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 305 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRX500BrukerDRX5005001
Bruker DRX600BrukerDRX6006002
Bruker AMX750BrukerAMX7507503
Bruker DRX800BrukerDRX8008004

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
X-PLOR3.1構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: MINIMIZED AVERAGE / 計算したコンフォーマーの数: 287 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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