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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b9v | ||||||
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タイトル | NOVEL AROMATIC INHIBITORS OF INFLUENZA VIRUS NEURAMINIDASE MAKE SELECTIVE INTERACTIONS WITH CONSERVED RESIDUES AND WATER MOLECULES IN TEH ACTIVE SITE | ||||||
要素 | PROTEIN (NEURAMINIDASE) | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / INFLUENZA (インフルエンザ) / NEURAMINIDASE (ノイラミニダーゼ) / SIALIDASE (ノイラミニダーゼ) / B/LEE/40 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / ノイラミニダーゼ / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Finley, J.B. / Atigadda, V.R. / Duarte, F. / Zahao, J.J. / Brouillette, W.J. / Air, G.M. / Luo, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: Novel aromatic inhibitors of influenza virus neuraminidase make selective interactions with conserved residues and water molecules in the active site. 著者: Finley, J.B. / Atigadda, V.R. / Duarte, F. / Zhao, J.J. / Brouillette, W.J. / Air, G.M. / Luo, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1b9v.cif.gz | 93.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1b9v.ent.gz | 69.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1b9v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/1b9v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/1b9v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43460.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Influenza B virus (B/Lee/40) (B型インフルエンザウイルス) 属: Influenzavirus BB型インフルエンザウイルス 生物種: Influenza B virusB型インフルエンザウイルス 株: B/Lee/40 / 参照: UniProt: P03474, ノイラミニダーゼ | ||||
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#2: 糖 | ChemComp-NAG / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-RA2 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.56 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.8 / 詳細: pH 6.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sudbeck, E.A., (1997) J. Mol. Biol., 267, 584. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年8月1日 |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.364→20 Å / Num. obs: 13395 / % possible obs: 80.15 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.32 % / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 9.98 |
反射 シェル | 解像度: 2.236→2.448 Å / 冗長度: 2.32 % / Mean I/σ(I) obs: 3.17 / Rsym value: 0.228 / % possible all: 80.15 |
反射 | *PLUS Num. obs: 19008 / Rmerge(I) obs: 0.082 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 73.5 % / Rmerge(I) obs: 0.0023 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1IVB 解像度: 2.35→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.85 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.183 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.577 / Rfactor obs: 0.364 |