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- PDB-1b9l: 7,8-DIHYDRONEOPTERIN TRIPHOSPHATE EPIMERASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b9l
タイトル7,8-DIHYDRONEOPTERIN TRIPHOSPHATE EPIMERASE
要素PROTEIN (EPIMERASE)
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / EPIMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydroneopterin triphosphate 2'-epimerase / dihydroneopterin triphosphate 2'-epimerase activity / dihydroneopterin aldolase activity / folic acid-containing compound metabolic process / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Dihydroneopterin aldolase/epimerase domain / ジヒドロネオプテリンアルドラーゼ / ジヒドロネオプテリンアルドラーゼ / GTP Cyclohydrolase I, domain 2 / GTP cyclohydrolase I, C-terminal domain/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase, N-terminal domain / GTP cyclohydrolase I, C-terminal/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dihydroneopterin triphosphate 2'-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Ploom, T. / Haussmann, C. / Hof, P. / Steinbacher, S. / Bacher, A. / Richardson, J. / Huber, R.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of 7,8-dihydroneopterin triphosphate epimerase.
著者: Ploom, T. / Haussmann, C. / Hof, P. / Steinbacher, S. / Bacher, A. / Richardson, J. / Huber, R.
履歴
登録1999年2月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (EPIMERASE)
B: PROTEIN (EPIMERASE)
C: PROTEIN (EPIMERASE)
D: PROTEIN (EPIMERASE)
E: PROTEIN (EPIMERASE)
F: PROTEIN (EPIMERASE)
G: PROTEIN (EPIMERASE)
H: PROTEIN (EPIMERASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,8248
ポリマ－112,8248
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: PROTEIN (EPIMERASE)
B: PROTEIN (EPIMERASE)
C: PROTEIN (EPIMERASE)
D: PROTEIN (EPIMERASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4124
ポリマ－56,4124
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8290 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area22670 Å2
手法PISA
3
E: PROTEIN (EPIMERASE)
F: PROTEIN (EPIMERASE)
G: PROTEIN (EPIMERASE)
H: PROTEIN (EPIMERASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4124
ポリマ－56,4124
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8180 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area22560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.680, 69.680, 239.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.065617, -0.94851, 0.309876), (-0.950524, -0.153913, -0.269841), (0.303641, -0.276838, -0.911681)35.25, 42.81, 9.65
2given(0.906619, 0.155859, 0.39211), (0.156764, -0.987182, 0.02993), (0.391749, 0.034334, -0.919431)-5.55, 71.73, -1.81
3given(-0.993058, -0.115759, 0.020893), (-0.11762, 0.974983, -0.18861), (0.001462, -0.189758, -0.98183)6.44, 0.93, 6.83
4given(-0.171395, 0.9791, 0.109482), (0.981661, 0.160307, 0.10317), (0.083463, 0.125157, -0.98862)-34.15, 29.29, -4.6
5given(-0.913386, -0.047477, -0.404317), (-0.019548, -0.986915, 0.16005), (-0.406626, 0.154091, 0.900506)3.74, 71.95, -5.1
6given(0.034214, -0.99222, -0.119702), (0.95782, -0.00164, 0.287364), (-0.285325, -0.124484, 0.950312)36.78, 34.98, 4.93
7given(0.037398, 0.957879, -0.284726), (-0.992334, 0.002012, -0.123569), (-0.117791, 0.287164, 0.950611)-33.6, 37.16, -10.22

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要素

#1: タンパク質
PROTEIN (EPIMERASE)


分子量: 14103.024 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AC19

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.3 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
濃度: 35 % / 一般名: ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源波長: 1.5418
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→20 Å / Num. obs: 23361 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.93 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rsym value: 11.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 68471

-
解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.9→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 --RANDOM
Rwork0.188 ---
obs-23361 94.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7872 0 0 0 7872
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.055
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 23272
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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