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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b8a | ||||||
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タイトル | ASPARTYL-TRNA SYNTHETASE | ||||||
要素 | PROTEIN (ASPARTYL-TRNA SYNTHETASE) | ||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / SYNTHETASE / TRNA LIGASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 アスパラギン酸tRNAリガーゼ / aspartyl-tRNA aminoacylation / aspartate-tRNA ligase activity / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / magnesium ion binding / RNA binding / ATP binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermococcus kodakarensis (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Schmitt, E. / Moulinier, L. / Thierry, J.-C. / Moras, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J. / 年: 1998 タイトル: Crystal structure of aspartyl-tRNA synthetase from Pyrococcus kodakaraensis KOD: archaeon specificity and catalytic mechanism of adenylate formation. 著者: Schmitt, E. / Moulinier, L. / Fujiwara, S. / Imanaka, T. / Thierry, J.C. / Moras, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1b8a.cif.gz | 221.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1b8a.ent.gz | 171.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1b8a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/1b8a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/1b8a | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.0651, 0.9967, -0.049), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50980.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌) 株: KOD1 / 細胞内の位置: CYTOPLASM細胞質 / 遺伝子: ASPS / プラスミド: PUC18F / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q52428, アスパラギン酸tRNAリガーゼ #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.09 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 24 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→15 Å / Num. obs: 3916674 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 8.2 Å2 / Rsym value: 5 |
反射 | *PLUS Num. obs: 105560 / Num. measured all: 3916674 / Rmerge(I) obs: 0.05 |
反射 シェル | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.269 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1ASZ 解像度: 1.9→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high rms absF: 2674497.32 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.7 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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