+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b7t | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | MYOSIN DIGESTED BY PAPAIN | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | MYOSIN (ミオシン) / MYOSIN MOTOR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 myosin filament / myosin complex / myofibril / cytoskeletal motor activity / actin filament binding / calmodulin binding / calcium ion binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Argopecten irradians (無脊椎動物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Houdusse, A. / Kalabokis, V. / Himmel, D. / Szent-Gyorgyi, A.G. / Cohen, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 1999 タイトル: Atomic structure of scallop myosin subfragment S1 complexed with MgADP: a novel conformation of the myosin head. 著者: A Houdusse / V N Kalabokis / D Himmel / A G Szent-Györgyi / C Cohen / 要旨: The crystal structure of a proteolytic subfragment from scallop striated muscle myosin, complexed with MgADP, has been solved at 2.5 A resolution and reveals an unusual conformation of the myosin ...The crystal structure of a proteolytic subfragment from scallop striated muscle myosin, complexed with MgADP, has been solved at 2.5 A resolution and reveals an unusual conformation of the myosin head. The converter and the lever arm are in very different positions from those in either the pre-power stroke or near-rigor state structures; moreover, in contrast to these structures, the SH1 helix is seen to be unwound. Here we compare the overall organization of the myosin head in these three states and show how the conformation of three flexible "joints" produces rearrangements of the four major subdomains in the myosin head with different bound nucleotides. We believe that this novel structure represents one of the prehydrolysis ("ATP") states of the contractile cycle in which the myosin heads stay detached from actin. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1b7t.cif.gz | 226.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1b7t.ent.gz | 174.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1b7t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/1b7t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/1b7t | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 3種, 3分子 AYZ
#1: タンパク質 | 分子量: 95317.430 Da / 分子数: 1 / 断片: PAPAIN DIGESTED, SUBFRAGMENT 1 (S1) / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PAPAIN DIGESTION OF MYOSIN / 由来: (天然) Argopecten irradians (無脊椎動物) / 組織: SKELETAL MUSCLE骨格筋 / 参照: UniProt: P24733 |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 17560.855 Da / 分子数: 1 / 断片: PAPAIN DIGESTED, SUBFRAGMENT 1 (S1) / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PAPAIN DIGESTION OF MYOSIN / 由来: (天然) Argopecten irradians (無脊椎動物) / 組織: SKELETAL MUSCLE骨格筋 / 参照: UniProt: P13543 |
#3: タンパク質 | 分子量: 17635.635 Da / 分子数: 1 / 断片: PAPAIN DIGESTED, SUBFRAGMENT 1 (S1) / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PAPAIN DIGESTION OF MYOSIN / 由来: (天然) Argopecten irradians (無脊椎動物) / 組織: SKELETAL MUSCLE骨格筋 / 参照: UniProt: P07291 |
-非ポリマー , 4種, 108分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-ADP / | #6: 化合物 | ChemComp-CA / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 8 / 詳細: pH 8.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 64.6 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: used to seeding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918 |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 1997年1月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→40 Å / Num. obs: 43838 / % possible obs: 80.6 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 50 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 11.6 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 2.8 Å / % possible obs: 38.5 % / 冗長度: 1.4 % / Num. unique obs: 5968 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Mean I/σ(I) obs: 6 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1MMD, 1WDC 解像度: 2.5→30 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: TOPHCSDX.PRO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 4 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.2244 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|