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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b37 | |||||||||
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タイトル | A 30 ANGSTROM U-SHAPED CATALYTIC TUNNEL IN THE CRYSTAL STRUCTURE OF POLYAMINE OXIDASE | |||||||||
要素 | PROTEIN (POLYAMINE OXIDASE) | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / FLAVIN-DEPENDENT AMINE OXIDASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ポリアミンオキシダーゼ (プロパン-1,3-ジアミン形成) / N8-アセチルスペルミジンオキシダーゼ (プロパン-1,3-ジアミン形成) / N1-acetylspermine:oxygen oxidoreductase (propane-1,3-diamine-forming) activity / spermidine oxidase (propane-1,3-diamine-forming) activity / spermine oxidase (propane-1,3-diamine-forming) activity / N8-acetylspermidine:oxygen oxidoreductase (propane-1,3-diamine-forming) activity / polyamine oxidase activity / polyamine catabolic process / spermine catabolic process / plant-type cell wall ...ポリアミンオキシダーゼ (プロパン-1,3-ジアミン形成) / N8-アセチルスペルミジンオキシダーゼ (プロパン-1,3-ジアミン形成) / N1-acetylspermine:oxygen oxidoreductase (propane-1,3-diamine-forming) activity / spermidine oxidase (propane-1,3-diamine-forming) activity / spermine oxidase (propane-1,3-diamine-forming) activity / N8-acetylspermidine:oxygen oxidoreductase (propane-1,3-diamine-forming) activity / polyamine oxidase activity / polyamine catabolic process / spermine catabolic process / plant-type cell wall / アポプラスト / flavin adenine dinucleotide binding / oxidoreductase activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Zea mays (トウモロコシ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Binda, C. / Coda, A. / Angelini, R. / Federico, R. / Ascenzi, P. / Mattevi, A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999 タイトル: A 30-angstrom-long U-shaped catalytic tunnel in the crystal structure of polyamine oxidase. 著者: Binda, C. / Coda, A. / Angelini, R. / Federico, R. / Ascenzi, P. / Mattevi, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1b37.cif.gz | 307.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1b37.ent.gz | 246.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1b37.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/1b37 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/1b37 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53698.457 Da / 分子数: 3 / 断片: FAD-BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Zea mays (トウモロコシ) / 参照: UniProt: O64411, EC: 1.5.3.11 #2: 多糖 | #3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4.6 / 詳細: pH 4.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 293 K / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 216570 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.082 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 785004 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 88.4 % / Rmerge(I) obs: 0.335 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.9→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.234 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: t_plane_restr / Dev ideal: 0.015 |