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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b32 | ||||||
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タイトル | OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN (OPPA) COMPLEXED WITH KMK | ||||||
要素 |
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キーワード | PEPTIDE BINDING PROTEIN / COMPLEX (PEPTIDE TRANSPORT-PEPTIDE) / PEPTIDE TRANSPORT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / protein transport / outer membrane-bounded periplasmic space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / その他 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Tame, J.R.H. / Wilkinson, A.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: Crystallographic and calorimetric analysis of peptide binding to OppA protein. 著者: Sleigh, S.H. / Seavers, P.R. / Wilkinson, A.J. / Ladbury, J.E. / Tame, J.R. #1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996 タイトル: The Role of Water in Sequence-Independent Ligand Binding by an Oligopeptide Transporter Protein 著者: Tame, J.R.H. / Sleigh, S.H. / Wilkinson, A.J. / Ladbury, J.E. #2: ジャーナル: Structure / 年: 1995 タイトル: The Crystal Structures of the Oligopeptide-Binding Protein OppA Complexed with Tripeptide and Tetrapeptide Ligands 著者: Tame, J.R.H. / Dodson, E.J. / Murshudov, G. / Higgins, C.F. / Wilkinson, A.J. #3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1995 タイトル: Structure Determination of Oppa at 2.3 Angstroms Resolution Using Multiple Wavelength Anomalous Methods 著者: Glover, I.D. / Denny, R. / Nguti, N.D. / McSweeney, S. / Thompson, A. / Dodson, E. / Wilkinson, A.J. / Tame, J.R.H. #4: ジャーナル: Science / 年: 1994 タイトル: The Structural Basis of Sequence-Independent Peptide Binding by OppA Protein 著者: Tame, J.R.H. / Murshudov, G.N. / Dodson, E.J. / Neil, T.K. / Dodson, G.G. / Higgins, C.F. / Wilkinson, A.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1b32.cif.gz | 128.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1b32.ent.gz | 97.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1b32.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/1b32 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/1b32 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1b05C 1b3fC 1b3gC 1b3lC 1b40C 1b46C 1b4zC 1b51C 1b52C 1b58C 1b5iC 1b5jC 1b9jC 1qkaC 1qkbC 1olb S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58878.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: OPPA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06202 | ||||
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 407.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-IUM / #4: 化合物 | ChemComp-ACT / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: FLASH COOLED TO 120K | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.5 / 詳細: CO-CRYSTALLIZED WITH URANIUM ACETATE, PH 5.5 | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.97 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→44.2 Å / Num. obs: 60799 / % possible obs: 96.69 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 14.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.78 Å / Rmerge(I) obs: 0.203 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 99.2 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.2 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: その他 開始モデル: PDB ENTRY 1OLB 1olb 解像度: 1.75→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 17.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→15 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rwork: 0.185 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |