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- PDB-1b2m: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF RIBONULCEASE T1 COMPLEXED WITH AN ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b2m
タイトルTHREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF RIBONULCEASE T1 COMPLEXED WITH AN ISOSTERIC PHOSPHONATE ANALOGUE OF GPU: ALTERNATE SUBSTRATE BINDING MODES AND CATALYSIS.
要素
  • 5'-R(*GP*(U34))-3'
  • RIBONUCLEASE T1
キーワードHYDROLASE/RNA / HYDROLASE (加水分解酵素) / ENDORIBONUCLEASE / HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hyphal tip / ribonuclease T1 activity / ribonuclease T1 / cell septum / endonuclease activity / lyase activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / リボヌクレアーゼ / Microbial ribonucleases / Ribonuclease/ribotoxin / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / Guanyl-specific ribonuclease T1
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus oryzae (米麹菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Arni, R.K. / Watanabe, L. / Ward, R.J. / Kreitman, R.J. / Kumar, K. / Walz Jr., F.G.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Three-dimensional structure of ribonuclease T1 complexed with an isosteric phosphonate substrate analogue of GpU: alternate substrate binding modes and catalysis.
著者: Arni, R.K. / Watanabe, L. / Ward, R.J. / Kreitman, R.J. / Kumar, K. / Walz Jr., F.G.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992
タイトル: Three-Dimensional Structure of Gln 25-Ribonuclease T1 at 1.84 Angstroms Resolution: Structural Variations at the Base Recognition and Catalytic Sites
著者: Arni, R.K. / Pal, G.P. / Ravichandran, K.G. / Tulinsky, A. / Metcalf Jr., P.F.G.W.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1989
タイトル: Crystal Structure of Guanosine-Free Ribonuclease T1, Complexed with Vanadate(V), Suggests Conformational Change Upon Substrate Binding
著者: Kostrewa, D. / Choe, H.-W. / Heinemann, U. / Saenger, W.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1988
タイトル: Three Dimensional Structures of the Ribonuclease T1 2'-Gmp Complex at 1.9 Angstroms Resolution
著者: Arni, R. / Heinemann, U. / Tokuoka, R. / Saenger, W.
#4: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1987
タイトル: Restrained Least-Squares Refinement of the Crystal Structure of the Ribonuclease T1 2'-Guanylic Acid Complex at 1.9 Angstroms Resolution
著者: Arni, R. / Heinemann, V. / Maslowska, M. / Tokuoka, R. / Saenger, W.
#5: ジャーナル: Fresenius Z.Anal.Chem. / 年: 1987
タイトル: Structure and Function of the Enzyme Ribonuclease T1
著者: Arni, R. / Heinemann, U. / Saenger, W.
#6: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1980
タイトル: Crystallization of Ribonuclease T1
著者: Martin, P.O. / Tulinsky, A. / Walz, F.G.
履歴
登録1998年11月27日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年2月1日Group: Structure summary
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-R(*GP*(U34))-3'
D: 5'-R(*GP*(U34))-3'
E: 5'-R(*GP*(U34))-3'
A: RIBONUCLEASE T1
B: RIBONUCLEASE T1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0495
ポリマ－24,0495
非ポリマー00
水1,65792
1
C: 5'-R(*GP*(U34))-3'
A: RIBONUCLEASE T1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7142
ポリマ－11,7142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: 5'-R(*GP*(U34))-3'
E: 5'-R(*GP*(U34))-3'
B: RIBONUCLEASE T1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3353
ポリマ－12,3353
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.910, 90.290, 33.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.0701, 0.9676, -0.2427), (-0.5247, 0.1711, 0.8339), (0.8484, 0.1858, 0.4957)51.299, 4.649, -14.759
2given(0.5413, 0.6404, 0.5469), (0.0409, 0.6272, -0.7778), (-0.8398, 0.4433, 0.3133)-16.614, 43.666, 67.113

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*GP*(U34))-3'


分子量: 620.441 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 RIBONUCLEASE T1 /


分子量: 11093.644 Da / 分子数: 2 / Mutation: GLN 25 VARIANT / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RNASE T1 COMPLEXED WITH 5'-R(*GP*(CH2)U)-3 / 由来: (天然) Aspergillus oryzae (米麹菌) / 参照: UniProt: P00651, EC: 3.1.27.3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.82 %
結晶化pH: 4.1 / 詳細: pH 4.10
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1SODIUM ACETATE11
2TRISトリスヒドロキシメチルアミノメタン11
3MGCL211
4PEG 400011
5PEG 400012
結晶化
*PLUS
pH: 4.1 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mMsodium acetate1drop
210 mg/mlprotein1drop
30.1 MTris-HCl1reservoir
40.2 M1reservoirMgCl2
530 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 11298 / % possible obs: 75 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rsym value: 0.64
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 75 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.064

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RNT

1rnt


解像度: 2→8 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 -10 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.187 9879 75 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1562 120 0 92 1774
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.74
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.42
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 26734
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.42

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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