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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1aw1 | ||||||
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タイトル | TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE OF VIBRIO MARINUS COMPLEXED WITH 2-PHOSPHOGLYCOLATE | ||||||
要素 | TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASEトリオースリン酸イソメラーゼ | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / PSYCHROPHILIC (好冷生物) / VIBRIO MARINUS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Moritella marina (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Maes, D. / Zeelen, J.P. / Wierenga, R.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998 タイトル: Triose-phosphate isomerase (TIM) of the psychrophilic bacterium Vibrio marinus. Kinetic and structural properties. 著者: Alvarez, M. / Zeelen, J.P. / Mainfroid, V. / Rentier-Delrue, F. / Martial, J.A. / Wyns, L. / Wierenga, R.K. / Maes, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1aw1.cif.gz | 364.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1aw1.ent.gz | 304.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1aw1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/1aw1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/1aw1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26766.199 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEX WITH 2-PHOSPHOGLYCOLATE / 由来: (組換発現) Moritella marina (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P50921, トリオースリン酸イソメラーゼ #2: 化合物 | ChemComp-PGA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 100MM TRIETHANOLAMINE/HCL 2.OM AMMONIUM SULFATE, 1MM DTT, EDTA, NAN3 20MM PGA PH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年11月1日 / 詳細: DOUBLE FOCUSSING MIRRORS |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→25 Å / Num. obs: 59692 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 14 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.198 / Mean I/σ(I) obs: 7 / % possible all: 98.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 332463 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.2 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1TRE 解像度: 2.7→8 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.01 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 14 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→8 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.82 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.25 |