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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1at5 | |||||||||||||||
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タイトル | HEN EGG WHITE LYSOZYME WITH A SUCCINIMIDE RESIDUE | |||||||||||||||
要素 | LYSOZYMEリゾチーム | |||||||||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / SUCCINIMIDE (スクシンイミド) / O-GLYCOSYL HYDROLASE | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | |||||||||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Noguchi, S. / Miyawaki, K. / Satow, Y. | |||||||||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998 タイトル: Succinimide and isoaspartate residues in the crystal structures of hen egg-white lysozyme complexed with tri-N-acetylchitotriose. 著者: Noguchi, S. / Miyawaki, K. / Satow, Y. #1: ジャーナル: J.Cryst.Growth / 年: 1996 タイトル: Crystallography of Succinimide Hen Egg-White Lysozyme at Low Temperatures 著者: Miyawaki, K. / Noguchi, S. / Harada, S. / Satow, Y. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1at5.cif.gz | 42.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1at5.ent.gz | 28.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1at5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/1at5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/1at5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14312.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SUCCINIMIDE AT RESIDUE 101 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / Cell: EGG / 細胞内の位置: CYTOPLASM (WHITE) / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム |
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#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / triacetyl-beta-chitotriose |
#3: 化合物 | ChemComp-NA / |
#4: 化合物 | ChemComp-CL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4.2 詳細: CRYSTALS WERE PREPARED AT 277K FROM A SOLUTION CONTAINING 20 MG/ML PROTEIN, 7 MM TRI-N-ACETYLCHITOTRIOSE, 25 MG/ML SODIUM CHLORIDE, AND 100 MM ACETATE BUFFER PH 4.2, BY EQUILIBRATING THE ...詳細: CRYSTALS WERE PREPARED AT 277K FROM A SOLUTION CONTAINING 20 MG/ML PROTEIN, 7 MM TRI-N-ACETYLCHITOTRIOSE, 25 MG/ML SODIUM CHLORIDE, AND 100 MM ACETATE BUFFER PH 4.2, BY EQUILIBRATING THE SOLUTION AGAINST A RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 50 MG/ML SODIUM CHLORIDE AND 100 MM ACETATE BUFFER PH 4.2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年5月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→34.8 Å / Num. obs: 10924 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 21.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / % possible all: 65.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 56262 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 65.2 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1LZB 解像度: 1.8→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: ALTHOUGH BOND DISTANCE BETWEEN ILE 98 CB AND CA DEVIATES BY LARGER THAN 4.0*RMSD FROM THE IDEAL VALUE, ALL THE ATOMS OF ILE 98 ARE DEFINED IN CLEAR ELECTRON DENSITIES.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 20.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 20
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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