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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1arp | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the fungal peroxidase from Arthromyces ramosus at 1.9 angstroms resolution: structural comparisons with the lignin and cytochrome C peroxidases | |||||||||
要素 | PEROXIDASE | |||||||||
キーワード | PEROXIDASE(DONOR:H2O2 OXIDOREDUCTASE) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lactoperoxidase activity / peroxidase / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / cellular response to oxidative stress / heme binding / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Penicillium janthinellum (菌類) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Kunishima, N. / Fukuyama, K. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: Crystal structure of the fungal peroxidase from Arthromyces ramosus at 1.9 A resolution. Structural comparisons with the lignin and cytochrome c peroxidases. 著者: Kunishima, N. / Fukuyama, K. / Matsubara, H. / Hatanaka, H. / Shibano, Y. / Amachi, T. #1: ジャーナル: Proteins / 年: 1993 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of Peroxidase from a Fungus Arthromyces Ramosus 著者: Kunishima, N. / Fukuyama, K. / Wakabayashi, S. / Sumida, M. / Takaya, M. / Shibano, Y. / Amachi, T. / Matsubara, H. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1arp.cif.gz | 78.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1arp.ent.gz | 60.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1arp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1arp_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1arp_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1arp_validation.xml.gz | 17.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1arp_validation.cif.gz | 25.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/1arp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/1arp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | THE ASYMMETRIC UNIT OF THE CRYSTAL CONTAINS ONE MOLECULE. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35722.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Penicillium janthinellum (菌類) / 参照: UniProt: P28313, peroxidase | ||||||
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#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-HEM / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE: DIFFERENCE | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.14 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 24 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: used as seeds, referred to 'Kunishima, N.', (1993) 'Proteins.Struct.,Funct., Genet.', 15, 216-220 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 19789 / Num. measured all: 83158 / Rmerge(I) obs: 0.0582 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.9→7 Å / Rfactor Rwork: 0.174 / Rfactor obs: 0.174 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→7 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 7 Å / Num. reflection obs: 19191 / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.174 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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