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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1akm | ||||||
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タイトル | ORNITHINE TRANSCARBAMYLASE FROM ESCHERICHIA COLI | ||||||
要素 | ORNITHINE TRANSCARBAMYLASEオルニチントランスカルバミラーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / ANABOLIC / UREA CYCLE (尿素回路) / CARBAMYL PHOSPHATE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 オルニチントランスカルバミラーゼ / ornithine carbamoyltransferase activity / citrulline biosynthetic process / arginine biosynthetic process via ornithine / amino acid binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換, 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Head, J.F. / Seaton, B. / Jin, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997 タイトル: Crystal structure at 2.8 A resolution of anabolic ornithine transcarbamylase from Escherichia coli. 著者: Jin, L. / Seaton, B.A. / Head, J.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1akm.cif.gz | 169.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1akm.ent.gz | 142.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1akm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/1akm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/1akm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2at2S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36818.840 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ARGI / プラスミド: PUC18 / 遺伝子 (発現宿主): ARGI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TB2 / Variant (発現宿主): DELTA ARGI-PYRB, ARGF- 参照: UniProt: P04391, オルニチントランスカルバミラーゼ |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: CRYSTALLIZED FROM 20% PEG 4000, 10% MPD, 1MM MGSO4, 50MM HEPES, PH 7.5. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 17 ℃ / 手法: microdialysis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年8月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→90 Å / Num. obs: 25858 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 7.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 99.9 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.9 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換, 単一同系置換・異常分散 開始モデル: PDB ENTRY 2AT2 解像度: 2.8→6 Å / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→6 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor all: 0.241 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |