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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ak0 | |||||||||
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タイトル | P1 NUCLEASE IN COMPLEX WITH A SUBSTRATE ANALOG | |||||||||
要素 | P1 NUCLEASENuclease S1 | |||||||||
キーワード | ENDONUCLEASE (エンドヌクレアーゼ) / P1 NUCLEASE / REACTION MECHANISM (反応機構) / THIOPHOSPHORYLATED OLIGONUCLEOTIDES / GLYCOSYLATED PROTEIN (グリコシル化) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Aspergillus nuclease S1 / DNA catabolic process / endonuclease activity / nucleic acid binding / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Penicillium citrinum (シトリナム黄変米菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Romier, C. / Suck, D. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 1998 タイトル: Recognition of single-stranded DNA by nuclease P1: high resolution crystal structures of complexes with substrate analogs. 著者: Romier, C. / Dominguez, R. / Lahm, A. / Dahl, O. / Suck, D. #1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1991 タイトル: Crystal Structure of Penicillium Citrinum P1 Nuclease at 2.8 A Resolution 著者: Volbeda, A. / Lahm, A. / Sakiyama, F. / Suck, D. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ak0.cif.gz | 67.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ak0.ent.gz | 52.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ak0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/1ak0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/1ak0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 29251.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Penicillium citrinum (シトリナム黄変米菌) 参照: UniProt: P24289, Aspergillus nuclease S1 |
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-糖 , 2種, 3分子
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#3: 糖 |
-非ポリマー , 4種, 162分子
#4: 化合物 | ChemComp-ZN / #5: 化合物 | ChemComp-ADS / | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.65 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.3 / 詳細: PEG 6000 12 - 20% 25 MM NA ACETATE PH 5.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | タイプ: ENRAF-NONIUS / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年1月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→15 Å / Num. obs: 27854 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / Rsym value: 0.068 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.95 Å / Rsym value: 0.247 / % possible all: 89.9 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 119199 / Rmerge(I) obs: 0.068 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 89.9 % / Rmerge(I) obs: 0.247 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→8 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 22.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati d res low obs: 8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 21.8 Å2 |