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万見
- PDB-1ahp: OLIGOSACCHARIDE SUBSTRATE BINDING IN ESCHERICHIA COLI MALTODEXTRI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ahp
タイトルOLIGOSACCHARIDE SUBSTRATE BINDING IN ESCHERICHIA COLI MALTODEXTRIN PHSPHORYLASE
要素E.COLI MALTODEXTRIN PHOSPHORYLASE
キーワードECOLI / PHOSPHORYLASE / OLIGOSACCHARIDE / INDUCED-FIT / SUBSTRATE / MALTODEXTRIN / STACKING
機能・相同性
機能・相同性情報


maltodextrin phosphorylase activity / alpha-glucan catabolic process / glycogen phosphorylase / glycogen phosphorylase activity / linear malto-oligosaccharide phosphorylase activity / SHG alpha-glucan phosphorylase activity / glycogen catabolic process / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 35 / Glycogen/starch/alpha-glucan phosphorylase / Phosphorylase pyridoxal-phosphate attachment site / Carbohydrate phosphorylase / Phosphorylase pyridoxal-phosphate attachment site. / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Maltodextrin phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者O'Reilly, M. / Watson, K.A. / Schinzel, R. / Palm, D. / Johnson, L.N.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Oligosaccharide substrate binding in Escherichia coli maltodextrin phosphorylase.
著者: O'Reilly, M. / Watson, K.A. / Schinzel, R. / Palm, D. / Johnson, L.N.
履歴
登録1997年4月10日処理サイト: BNL
改定 1.01997年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月5日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_database_status.process_site / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年11月3日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E.COLI MALTODEXTRIN PHOSPHORYLASE
B: E.COLI MALTODEXTRIN PHOSPHORYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,28510
ポリマ－180,7302
非ポリマー1,5558
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8100 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area54500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.200, 112.400, 121.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.70, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.726932, -0.000378, -0.686708), (-0.031532, -0.998926, 0.033929), (-0.685985, 0.046317, 0.72614)
ベクター: 69.40787, -0.83145, 27.7496)

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要素

#1: タンパク質 E.COLI MALTODEXTRIN PHOSPHORYLASE / MALP


分子量: 90365.008 Da / 分子数: 2 / 変異: N112A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PYRIDOXAL PHOSPHATE COFACTOR ATTACHED TO LYS 645 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00490, glycogen phosphorylase
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 0.1M NATARTRATE, PH 6.4, 24% PEG 3350, 1MM SODIUM AZIDE, 16 DEG CELCIUS, 50MM MALTOHEXAOSE STOCK, 16.5MG/ML PROTEIN STOCK, HANGING DROPS 1MICRO LITRE WELL & 0.5 MICRO LITRE MALTOHEXAOSE 0.5 ...詳細: 0.1M NATARTRATE, PH 6.4, 24% PEG 3350, 1MM SODIUM AZIDE, 16 DEG CELCIUS, 50MM MALTOHEXAOSE STOCK, 16.5MG/ML PROTEIN STOCK, HANGING DROPS 1MICRO LITRE WELL & 0.5 MICRO LITRE MALTOHEXAOSE 0.5 MICRO LITRE PROTEIN, vapor diffusion - hanging drop
結晶化
*PLUS
温度: 16 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120-24 %PEG33501reservoir
21 mMsodium azide1reservoir
30.5-0.8 Msodium chloride1reservoir
40.1 Msodium tartrate1reservoir
610-12.5 mMmaltohexaose1protein
710-12 %PEG33501protein
80.5 mMsodium azide1protein
90.25-0.4 Msodium chloride1protein
5MalP N133A1protein0.005ml
100.05 Msodium tartrate1protein

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年2月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. obs: 33108 / % possible obs: 81.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.6 % / Biso Wilson estimate: 57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 3→3.08 Å / 冗長度: 1 % / Rmerge(I) obs: 0.318 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 80.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 52324

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MALP NATIVE STRUCTURE

解像度: 3→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: GROUPED B / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
詳細: COORDINATES FOR MOLECULE A WERE PROVIDED BY THE DEPOSITOR. MOLECULE B WAS GENERATED BY THE PDB USING NCS SYMMETRY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 608 2 %RANDOM
Rwork0.232 ---
obs0.232 29121 73 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.4 Å2
Refine analyze
ObsFree
Luzzati coordinate error0.25 Å-
Luzzati d res low10 Å-
Luzzati sigma a0.25 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12732 0 98 0 12830
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: STRICT
LS精密化 シェル解像度: 3→3.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.042 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 59 1.2 %
Rwork0.318 2844 -
obs--57 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PROTOPH19X.PRO
X-RAY DIFFRACTION2SO4.PARAMSO4.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PLP.PARAMPLP.TOP
X-RAY DIFFRACTION4OLI.PARAMOLI.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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