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- PDB-1agq: GLIAL CELL-DERIVED NEUROTROPHIC FACTOR FROM RAT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1agq
タイトルGLIAL CELL-DERIVED NEUROTROPHIC FACTOR FROM RAT
要素GLIAL CELL-DERIVED NEUROTROPHIC FACTOR
キーワードGROWTH FACTOR (成長因子) / NEUROTROPHIC FACTOR / CYSTINE KNOT (シスチンノット)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of ureteric bud formation / postsynaptic membrane organization / mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / dorsal spinal cord development / positive regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / ureteric bud formation / positive regulation of ureteric bud formation / regulation of semaphorin-plexin signaling pathway / postganglionic parasympathetic fiber development / positive regulation of monooxygenase activity ...regulation of ureteric bud formation / postsynaptic membrane organization / mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / dorsal spinal cord development / positive regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / ureteric bud formation / positive regulation of ureteric bud formation / regulation of semaphorin-plexin signaling pathway / postganglionic parasympathetic fiber development / positive regulation of monooxygenase activity / glial cell-derived neurotrophic factor receptor binding / RET signaling / regulation of morphogenesis of a branching structure / regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / enteric nervous system development / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / 蠕動 / sympathetic nervous system development / peripheral nervous system development / organ induction / mRNA stabilization / commissural neuron axon guidance / metanephros development / RAF/MAP kinase cascade / 神経堤 / ureteric bud development / branching involved in ureteric bud morphogenesis / midbrain development / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / embryonic organ development / cellular response to dexamethasone stimulus / positive regulation of cell differentiation / growth factor activity / receptor tyrosine kinase binding / neuron differentiation / response to wounding / neuron projection development / male gonad development / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / retina development in camera-type eye / nervous system development / 遺伝子発現の調節 / negative regulation of neuron apoptotic process / cell population proliferation / receptor ligand activity / receptor complex / positive regulation of cell population proliferation / ゴルジ体 / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
グリア細胞株由来神経栄養因子 / Glial cell line-derived neurotrophic factor family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / リボン / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
グリア細胞株由来神経栄養因子
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Eigenbrot, C. / Gerber, N.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: X-ray structure of glial cell-derived neurotrophic factor at 1.9 A resolution and implications for receptor binding.
著者: Eigenbrot, C. / Gerber, N.
#1: ジャーナル: Annu.Rev.Biophys.Biomol.Struct. / 年: 1995
タイトル: The Cystine-Knot Growth-Factor Superfamily
著者: Sun, P.D. / Davies, D.R.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1993
タイトル: A Glial Cell Line-Derived Neurotrophic Factor for Midbrain Dopaminergic Neurons
著者: Lin, L.F. / Doherty, D.H. / Lile, J.D. / Bektesh, S. / Collins, F.
履歴
登録1997年3月25日処理サイト: BNL
改定 1.01997年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLIAL CELL-DERIVED NEUROTROPHIC FACTOR
B: GLIAL CELL-DERIVED NEUROTROPHIC FACTOR
C: GLIAL CELL-DERIVED NEUROTROPHIC FACTOR
D: GLIAL CELL-DERIVED NEUROTROPHIC FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3614
ポリマ－60,3614
非ポリマー00
水5,134285
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.850, 67.550, 71.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.94, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.131915, 0.517078, -0.845712), (0.528292, -0.758579, -0.3814), (-0.838753, -0.39647, -0.373237)24.8478, 38.8802, 58.1358
2given(0.559989, 0.039033, 0.82758), (0.087061, -0.996132, -0.011928), (0.823913, 0.07873, -0.561221)3.8962, 15.991, 2.5719
3given(-0.75666, -0.611477, 0.231434), (-0.215165, 0.567151, 0.795012), (-0.617389, 0.551757, -0.560709)38.832, 29.2662, 44.4868

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要素

#1: タンパク質
GLIAL CELL-DERIVED NEUROTROPHIC FACTOR / GDNF


分子量: 15090.256 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Cell: GLIA / 器官: BRAIN脳 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07731
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化pH: 7 / 詳細: 20% PEG 6000, 0.8 M LICL, PH 7.0
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15.1 mg/mlprotein1drop
230 mMHEPES1drop
30.012 %(w/v)sodium azide1drop
40.06 mMbenzamidine1drop
58 %(w/v)PEG60001reservoir
60.32 M1reservoirLiCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918
検出器タイプ: PRINCETON 2K / 検出器: CCD / 日付: 1996年2月1日 / 詳細: MIRRORS
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 46219 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 22.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 5 / Rsym value: 0.228 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
XSIGHTモデル構築
X-PLOR3.851精密化
XSIGHT位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.9→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: RESOLUTION-DEPENDENT WEIGHTING SCHEME USED. BULK SOLVENT MODEL USED. THERE ARE 139 ATOMS ASSIGNED ZERO OCCUPANCY. SOME OF THESE WERE USED WITH UNIT OCCUPANCY AT SOME STAGE OF REFINEMENT, BUT ...詳細: RESOLUTION-DEPENDENT WEIGHTING SCHEME USED. BULK SOLVENT MODEL USED. THERE ARE 139 ATOMS ASSIGNED ZERO OCCUPANCY. SOME OF THESE WERE USED WITH UNIT OCCUPANCY AT SOME STAGE OF REFINEMENT, BUT ARE NOW ASSIGNED ZERO OCCUPANCY. THE SEGMENT C 116 - C 120 IS POORLY MODELED USING A SINGLE MAIN CHAIN CONFORMATION. THERE IS RESIDUAL ELECTRON DENSITY SUGGESTING ADDITIONAL CONFORMATION(S), BUT NO ATTEMPT TO MODEL THEM HAS BEEN MADE. ALL RESIDUE NUMBERS IN THIS ENTRY ARE GREATER (BY ONE) THAN THOSE USED IN THE JOURNAL ARTICLE DESCRIBING THIS WORK (JRNL RECORD).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 4402 10.2 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.203 43042 93.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33.8 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.18 Å-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2941 0 0 285 3226
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.47
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it4.054
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it4.985
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it7.178
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it9.19
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 347 9.6 %
Rwork0.189 3258 -
obs--78.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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