+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1af6 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | MALTOPORIN SUCROSE COMPLEX | |||||||||
要素 | MALTOPORIN | |||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / SPECIFIC PORIN / BETA BARREL (Βバレル) / SUGAR TRANSPORT / SUCROSE (スクロース) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 maltodextrin transmembrane transporter activity / maltose transporting porin activity / polysaccharide transport / porin activity / maltodextrin transmembrane transport / pore complex / carbohydrate transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport / cell outer membrane / virus receptor activity / DNA damage response 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Dutzler, R. / Schirmer, T. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997 タイトル: Channel specificity: structural basis for sugar discrimination and differential flux rates in maltoporin. 著者: Wang, Y.F. / Dutzler, R. / Rizkallah, P.J. / Rosenbusch, J.P. / Schirmer, T. #1: ジャーナル: Structure / 年: 1996 タイトル: Crystal Structures of Various Maltooligosaccharides Bound to Maltoporin Reveal a Specific Sugar Translocation Pathway 著者: Dutzler, R. / Wang, Y.F. / Rizkallah, P. / Rosenbusch, J.P. / Schirmer, T. #2: ジャーナル: Science / 年: 1995 タイトル: Structural Basis for Sugar Translocation Through Maltoporin Channels at 3.1 A Resolution 著者: Schirmer, T. / Keller, T.A. / Wang, Y.F. / Rosenbusch, J.P. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1af6.cif.gz | 260.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1af6.ent.gz | 215 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1af6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/1af6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/1af6 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47425.785 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 細胞内の位置: OUTER MEMBRANE / 遺伝子: LAMB / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02943 #2: 多糖 | #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3 |
---|
-試料調製
結晶 | 溶媒含有率: 75 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7. | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.96 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年5月12日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.96 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 114378 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 38.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 5.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.36→2.46 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.8 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.8 % |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1MAL 解像度: 2.4→8 Å / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 詳細: REFINEMENT WAS PERFORMED USING TIGHT STERICAL RESTRAINTS FOR NCS-RELATED MONOMERS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati d res low obs: 8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.195 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |