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- PDB-2mpr: MALTOPORIN FROM SALMONELLA TYPHIMURIUM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mpr
タイトルMALTOPORIN FROM SALMONELLA TYPHIMURIUM
要素MALTOPORIN
キーワードOUTER MEMBRANE PROTEIN / OLIGOSACCHARIDE BINDING / SUGAR TRANSPORT / PHAGE RECOGNITION
機能・相同性
機能・相同性情報


maltodextrin transmembrane transporter activity / maltose transporting porin activity / polysaccharide transport / porin activity / pore complex / carbohydrate transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Porin, LamB type / Maltoporin / Porin, LamB-type / Porin, LamB-type superfamily / : / LamB porin / Maltoporin; Chain A / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-maltotriose / Maltoporin
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Meyer, J.E.W. / Schulz, G.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: Structure of maltoporin from Salmonella typhimurium ligated with a nitrophenyl-maltotrioside.
著者: Meyer, J.E. / Hofnung, M. / Schulz, G.E.
履歴
登録1997年2月7日処理サイト: BNL
改定 1.01997年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _diffrn_source.type
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月9日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MALTOPORIN
B: MALTOPORIN
C: MALTOPORIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,7477
ポリマ－144,1943
非ポリマー1,5534
水10,088560
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14870 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area46240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.500, 211.800, 184.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.487541, -0.864344, -0.123338), (0.863609, -0.498178, 0.077447), (-0.128385, -0.068757, 0.989338)65.33897, 99.9594, 5.30578
2given(-0.486621, -0.864788, -0.123859), (0.864061, -0.497347, 0.077743), (-0.128832, -0.06919, 0.98925)65.39, 99.9, 5.33
3given(-0.489234, 0.862345, -0.130424), (-0.862697, -0.500449, -0.072835), (-0.12808, 0.076883, 0.988779)-53.57, 107.05, -4.72
4given(-0.488529, 0.862765, -0.130288), (-0.863157, -0.499701, -0.072512), (-0.127666, 0.077035, 0.988821)-53.59, 107, -4.72
5given(-0.478397, -0.869753, -0.121105), (0.869924, -0.488216, 0.06984), (-0.119869, -0.071941, 0.99018)65.45, 99.95, 5.39
6given(-0.494168, 0.859698, -0.129292), (-0.860255, -0.505026, -0.070072), (-0.125536, 0.076597, 0.989128)-53.49, 107.11, -4.73

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要素

#1: タンパク質 MALTOPORIN / LAM-B / MAL-L


分子量: 48064.535 Da / 分子数: 3 / 断片: MATURE PROTEIN, SIGNAL SEQUENCE CLEAVED OFF / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
細胞内の位置: OUTER MEMBRANE / 株: SL3749 / 参照: UniProt: P26466
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-maltotriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-maltotriose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5][a2122h-1a_1-5]/1-2-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 560 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 71 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: MALTOPORIN WAS CRYSTALLIZED BY HANGING-DROP METHOD. DROP: 5-8 MG/ML PROTEIN, 0.3% C8E4, 0.8% C6DAO, 1 MM CACL2, 1MM MGCL2, 14-18% PEG 1500, 0.02% NAN3 RESERVOIR: 28-32% PEG 1500, vapor diffusion - hanging drop
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15-8 mg/mlprotein1drop
20.3 %n-octyltetraoxyethylene1drop
30.8 %n-hexyldimethylaminoxide1drop
41 mM1dropMgCl2
51 mM1dropCaCl2
614-18 %PEG15001drop
70.02 %1dropNaN3
828-32 %PEG15001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE M18X / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS-NICOLET X100 / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年9月4日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→25 Å / Num. obs: 90607 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.4→2.48 Å / 冗長度: 1.4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Rsym value: 0.167 / % possible all: 62.4
反射
*PLUS
% possible obs: 88 % / Num. measured all: 278202
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 62 % / Rmerge(I) obs: 0.35

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
AMoRE位相決定
RAVEモデル構築
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
XDSデータ削減
RAVE位相決定
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MPR

1mpr


解像度: 2.4→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.0034 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED
交差検証法: THROUGHOUT, EXCEPT FOR VERY LAST ROUND (REFINEMENT AGAINST ALL REFLECTIONS)
σ(F): 0
詳細: THE ENTRY PRESENTS THE REFINED STRUCTURE CONTAINING 1 MALTOTRIOSE PER MONOMER. ALL SIDE CHAIN ATOMS WITHOUT DENSITY WERE ASSIGNED ZERO OCCUPANCY. B-VALUES OF WILSON PLOT WAS CALCULATED WITH ...詳細: THE ENTRY PRESENTS THE REFINED STRUCTURE CONTAINING 1 MALTOTRIOSE PER MONOMER. ALL SIDE CHAIN ATOMS WITHOUT DENSITY WERE ASSIGNED ZERO OCCUPANCY. B-VALUES OF WILSON PLOT WAS CALCULATED WITH THE CCP4 PROGRAM WILSON.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 4219 5.1 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.191 82445 88.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.7 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 3.53 Å / Luzzati sigma a obs: 0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10056 0 103 560 10719
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.62
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.16
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS / Rms dev Biso : 1.7 Å2 / Rms dev position: 0.2 Å / Weight Biso : 0.2 / Weight position: 100
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.48 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 307 5.4 %
Rwork0.271 5737 -
obs--62 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM3.CHOTOPH3.CHO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 27 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.16
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.271

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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