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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1adu | ||||||
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タイトル | EARLY E2A DNA-BINDING PROTEIN | ||||||
要素 | ADENOVIRUS SINGLE-STRANDED DNA-BINDING PROTEIN | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA-BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / SSDNA BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral DNA strand displacement replication / viral DNA genome replication / DNA duplex unwinding / DNA unwinding involved in DNA replication / positive regulation of DNA replication / カプシド / single-stranded DNA binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / DNA binding ...viral DNA strand displacement replication / viral DNA genome replication / DNA duplex unwinding / DNA unwinding involved in DNA replication / positive regulation of DNA replication / カプシド / single-stranded DNA binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Tucker, P.A. / Kanellopoulos, P.N. / Tsernoglou, D. / Van Der Vliet, P.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996 タイトル: Alternative arrangements of the protein chain are possible for the adenovirus single-stranded DNA binding protein. 著者: Kanellopoulos, P.N. / Tsernoglou, D. / van der Vliet, P.C. / Tucker, P.A. #1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1994 タイトル: Crystal Structure of the Adenovirus DNA Binding Protein Reveals a Hook-on Model for Cooperative DNA Binding 著者: Tucker, P.A. / Tsernoglou, D. / Tucker, A.D. / Coenjaerts, F.E. / Leenders, H. / Van Der Vliet, P.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1adu.cif.gz | 124.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1adu.ent.gz | 96.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1adu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/1adu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/1adu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | THE MOLECULES FORM CHAINS ALONG THE CRYSTALLOGRAPHIC Z AXIS. PAIRS OF MOLECULES IN THE CHAIN ARE RELATED BY A CRYSTALLOGRAPHIC SCREW AXIS. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39899.746 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 174 - 529 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SECOND CRYSTAL FORM, DATA COLLECTED AT 293 K 由来: (天然) Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス) 属: Mastadenovirus / Cell: INFECTED HELA CELLS / 生物種: Human adenovirus C / 参照: UniProt: P03265 #2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.74 % | |||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.97 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年6月27日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→20 Å / Num. obs: 17172 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.168 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 73641 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 3.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.496 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3→6 Å / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 35.45 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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