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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1aa1 | ||||||
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タイトル | ACTIVATED SPINACH RUBISCO IN COMPLEX WITH THE PRODUCT 3-PHOSPHOGLYCERATE | ||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE / LYASE (CARBON-CARBON) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photorespiration / ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / monooxygenase activity / chloroplast / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Spinacia oleracea (ホウレンソウ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Taylor, T.C. / Andersson, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997 タイトル: Structure of a product complex of spinach ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase. 著者: Taylor, T.C. / Andersson, I. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996 タイトル: Large Structures at High Resolution: The 1.6 A Crystal Structure of Spinach Ribulose-1,5-Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase Complexed with 2-Carboxyarabinitol Bisphosphate 著者: Andersson, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1aa1.cif.gz | 462 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1aa1.ent.gz | 377.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1aa1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1aa1_validation.pdf.gz | 526.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1aa1_full_validation.pdf.gz | 570.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1aa1_validation.xml.gz | 94.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1aa1_validation.cif.gz | 129.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/1aa1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/1aa1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52777.680 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 器官: LEAF / 参照: UniProt: P00875, ribulose-bisphosphate carboxylase #2: タンパク質 | 分子量: 14638.671 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 器官: LEAF / 参照: UniProt: Q43832, ribulose-bisphosphate carboxylase #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-3PG / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 7 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.2 詳細: 14% PEG 4000, 0.2 M NACL, 25 MM HEPES PH 7.8 10 MM MGCL2, 100 MM 3-PHOSPHOGLYCERATE, pH 7.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Taylor, T.C., (1996) Nat. Struct. Biol., 3, 95. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 283 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 0.87 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年10月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 107965 / % possible obs: 85 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 9.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.205 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 75 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 799161 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→7 Å / Isotropic thermal model: INDIVIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→7 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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