[日本語] English
万見
- PDB-1a7t: METALLO-BETA-LACTAMASE WITH MES -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a7t
タイトルMETALLO-BETA-LACTAMASE WITH MES
要素METALLO-BETA-LACTAMASE
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / HYDROLASE (BETA-LACTAMASE) / METALLO BETA-LACTAMASE / ZINC (亜鉛)
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / Β-ラクタマーゼ / ペリプラズム / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamases class B signature 2. / Beta-lactamases class B signature 1. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides fragilis (バクテリア)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Fitzgerald, P.M.D. / Wu, J.K. / Toney, J.H.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Unanticipated inhibition of the metallo-beta-lactamase from Bacteroides fragilis by 4-morpholineethanesulfonic acid (MES): a crystallographic study at 1.85-A resolution.
著者: Fitzgerald, P.M. / Wu, J.K. / Toney, J.H.
#1: ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 1997
タイトル: High-Yield Expression, Purification, and Characterization of Active, Soluble Bacteroides Fragilis Metallo-Beta-Lactamase, Ccra
著者: Toney, J.H. / Wu, J.K. / Overbye, K.M. / Thompson, C.M. / Pompliano, D.L.
履歴
登録1998年3月17日処理サイト: BNL
改定 1.01998年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: METALLO-BETA-LACTAMASE
B: METALLO-BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,47310
ポリマ－50,7752
非ポリマー6988
水6,071337
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.270, 66.960, 69.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.77, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 METALLO-BETA-LACTAMASE / CLASS B BETA-LACTAMASE


分子量: 25387.666 Da / 分子数: 2 / 変異: A171T, D208N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア)
株: TAL3636 / 遺伝子: CCRA / Variant: CLINICAL ISOLATE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25910, Β-ラクタマーゼ
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤)


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.7 %
結晶化pH: 6.1
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 20% PEG 4000, 100 MM POTASSIUM ACETATE, 100 MM MES, PH 6.1
結晶化
*PLUS
pH: 6.3 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlenzyme11
210 mMsodium cacodylate11
32 mMdithiothreitol11
43 mMsodium azide11
5100 mMMES12
6100 mMpotassium acetate12
718-21 %PEG400012

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年2月5日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→100 Å / Num. obs: 29508 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.06 % / Rmerge(I) obs: 0.032 / Rsym value: 0.032 / Net I/σ(I): 42.8
反射 シェル解像度: 1.85→1.97 Å / 冗長度: 1.47 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / Rsym value: 0.074 / % possible all: 73.9
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 73.9 % / Num. unique obs: 3950

-
解析

ソフトウェア
名称分類
PHASES位相決定
PROLSQ精密化
XENGENデータ削減
XENGENデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.85→10 Å / σ(F): 1
詳細: INITIAL CYCLES OF REFINEMENT WERE PERFORMED USING PROGRAM X-PLOR. 10% OF THE DATA (RANDOMLY SELECTED) WERE SET ASIDE FOR CALCULATION OF A FREE R-FACTOR. AT THE END OF THE X-PLOR PHASE OF THE ...詳細: INITIAL CYCLES OF REFINEMENT WERE PERFORMED USING PROGRAM X-PLOR. 10% OF THE DATA (RANDOMLY SELECTED) WERE SET ASIDE FOR CALCULATION OF A FREE R-FACTOR. AT THE END OF THE X-PLOR PHASE OF THE REFINEMENT, THE WORKING R WAS 0.173 AND R-FREE WAS 0.242.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.151 --
obs-29267 91.3 %
原子変位パラメータBiso mean: 15.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3855 0 30 337 4222
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0180.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0350.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0370.04
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.961
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.5341.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.4541
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.3991.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0170.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1660.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.2030.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2010.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1990.5
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.93
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor15.520
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor2220
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.151
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.85 Å / 最低解像度: 1.93 Å / Total num. of bins used: 12 / Num. reflection obs: 2722 / Rfactor obs: 0.188

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る