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- PDB-1a2z: PYRROLIDONE CARBOXYL PEPTIDASE FROM THERMOCOCCUS LITORALIS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a2z
タイトルPYRROLIDONE CARBOXYL PEPTIDASE FROM THERMOCOCCUS LITORALIS
要素PYRROLIDONE CARBOXYL PEPTIDASE
キーワードPEPTIDASE / N-PYROGLUTAMATE HYDROLYSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


pyroglutamyl-peptidase I / pyroglutamyl-peptidase activity / proteolysis / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pyroglutamyl peptidase I, bacterial-type / Pyroglutamyl peptidase I, Glu active site / Pyrrolidone-carboxylate peptidase glutamic acid active site. / Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like / Pyroglutamyl peptidase I, Cys active site / Pyrrolidone-carboxylate peptidase cysteine active site. / Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I / Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like / Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like superfamily / Pyroglutamyl peptidase ...Pyroglutamyl peptidase I, bacterial-type / Pyroglutamyl peptidase I, Glu active site / Pyrrolidone-carboxylate peptidase glutamic acid active site. / Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like / Pyroglutamyl peptidase I, Cys active site / Pyrrolidone-carboxylate peptidase cysteine active site. / Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I / Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like / Peptidase C15, pyroglutamyl peptidase I-like superfamily / Pyroglutamyl peptidase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pyrrolidone-carboxylate peptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus litoralis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Singleton, M.R. / Isupov, M.N. / Littlechild, J.A.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999
タイトル: X-ray structure of pyrrolidone carboxyl peptidase from the hyperthermophilic archaeon Thermococcus litoralis.
著者: Singleton, M. / Isupov, M. / Littlechild, J.
履歴
登録1998年1月13日処理サイト: BNL
改定 1.01998年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PYRROLIDONE CARBOXYL PEPTIDASE
B: PYRROLIDONE CARBOXYL PEPTIDASE
C: PYRROLIDONE CARBOXYL PEPTIDASE
D: PYRROLIDONE CARBOXYL PEPTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,4918
ポリマ－99,1074
非ポリマー3844
水11,890660
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9630 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area32060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.644, 147.010, 71.553
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.91547, 0.40237, -0.0046), (0.40229, 0.9149, -0.03357), (-0.0093, -0.03258, -0.99943)17.24027, -3.20796, 14.57744
2given(-0.97239, -0.00924, 0.23317), (0.00877, -0.99996, -0.00305), (0.23319, -0.00092, 0.97243)46.56684, 140.60222, -5.43904
3given(0.89334, -0.40374, -0.19734), (-0.40559, -0.91347, 0.03281), (-0.19351, 0.05073, -0.97979)32.23455, 144.00488, 12.9799

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要素

#1: タンパク質
PYRROLIDONE CARBOXYL PEPTIDASE / PYROGLUTAMYL AMINOPEPTIDASE


分子量: 24776.785 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CYS 143 OXIDIZED IN EACH SUBUNIT / 由来: (組換発現) Thermococcus litoralis (古細菌) / 解説: CAMR, PORTON DOWN, WILTSHIRE, UK / 遺伝子: PCP / プラスミド: PKK223-3 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOSOL / 遺伝子 (発現宿主): PCP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC1061 / Variant (発現宿主): JS5 / 参照: UniProt: O07883, pyroglutamyl-peptidase I
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 660 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化pH: 6.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 35% AMMONIUM SULFATE, 50 MM POTASSIUM PHOSPHATE, PH 6.5
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
250 mMpotassium phosphate1drop
310 mMdithiothreitol1drop
435 %ammonium sulfate1reservoir
550 mMpotassium phosphate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9096
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年5月29日 / 詳細: SEGMENTED MIRROR
放射モノクロメーター: GE(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9096 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→19.73 Å / Num. obs: 104008 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 1.73→1.76 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.284 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.284 / % possible all: 97
反射
*PLUS
% possible obs: 97.4 % / Rmerge(I) obs: 0.09
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.73→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 -2 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs-104080 97 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6986 0 20 660 7666
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.187 / Rfactor Rfree: 0.214
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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