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万見
- PDB-1a12: REGULATOR OF CHROMOSOME CONDENSATION (RCC1) OF HUMAN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a12
タイトルREGULATOR OF CHROMOSOME CONDENSATION (RCC1) OF HUMAN
要素REGULATOR OF CHROMOSOME CONDENSATION 1
キーワードGUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR (グアニンヌクレオチド交換因子) / GEF / RAN / RAS-LIKE NUCLEAR GTP BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic nuclear membrane reassembly / sulfate binding / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / Nuclear import of Rev protein / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / nucleosomal DNA binding / regulation of mitotic nuclear division / nucleosome binding / spindle assembly / viral process ...mitotic nuclear membrane reassembly / sulfate binding / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / Nuclear import of Rev protein / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / nucleosomal DNA binding / regulation of mitotic nuclear division / nucleosome binding / spindle assembly / viral process / guanyl-nucleotide exchange factor activity / mitotic spindle organization / condensed nuclear chromosome / chromosome segregation / G1/S transition of mitotic cell cycle / small GTPase binding / 染色体 / histone binding / protein heterodimerization activity / 細胞分裂 / chromatin binding / クロマチン / protein-containing complex / 核質 / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 1. / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 2. / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation, RCC1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile. / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulator of chromosome condensation
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / SINGLE ISOMORPHOUS REPLACEMENT (SIR) COMBINED WITH 3-FOLD NCS AVERAGING / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Renault, L. / Nassar, N. / Vetter, I. / Becker, J. / Roth, M. / Wittinghofer, A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1998
タイトル: The 1.7 A crystal structure of the regulator of chromosome condensation (RCC1) reveals a seven-bladed propeller.
著者: Renault, L. / Nassar, N. / Vetter, I. / Becker, J. / Klebe, C. / Roth, M. / Wittinghofer, A.
履歴
登録1997年12月19日処理サイト: BNL
改定 1.01999年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: REGULATOR OF CHROMOSOME CONDENSATION 1
B: REGULATOR OF CHROMOSOME CONDENSATION 1
C: REGULATOR OF CHROMOSOME CONDENSATION 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,3293
ポリマ－132,3293
非ポリマー00
水15,925884
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.957, 82.903, 83.105
Angle α, β, γ (deg.)112.88, 104.09, 103.42
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.9853, -0.08662, 0.147246), (0.086682, -0.48923, -0.867836), (0.147209, 0.867843, -0.47453)0.4443, -0.1007, -1.5991
2given(0.98793, 0.139508, 0.067314), (0.014811, -0.517654, 0.855462), (0.154189, -0.84414, -0.513472)-0.7151, -1.0794, -1.4704

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要素

#1: タンパク質 REGULATOR OF CHROMOSOME CONDENSATION 1 / RCC1


分子量: 44109.777 Da / 分子数: 3 / 断片: FULL LENGTH / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PTAC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CK600K / 参照: UniProt: P18754
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 884 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 %
解説: NATIVE DATA SET OBTAINED BY MERGING 3 NATIVE DATA SETS, TWO COLLECTED ON ROTATING ANODE AND ONE COLLECTED AT DESY.
結晶化pH: 6.9 / 詳細: pH 6.9
結晶化
*PLUS
手法: unknown

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9096
検出器日付: 1997年5月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9096 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→41.5 Å / Num. obs: 113006 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 10.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 23.1
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.257 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.257 / % possible all: 69.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 596594
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 69.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: SINGLE ISOMORPHOUS REPLACEMENT (SIR) COMBINED WITH 3-FOLD NCS AVERAGING
解像度: 1.7→41 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 750.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 11010 10 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.189 110012 92 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17.2 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3000 0 0 884 3884
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d2.99
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.61.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.612
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.642
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.072.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 302 10 %
Rwork0.264 2725 -
obs--50.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2TOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg2.99
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.264

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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