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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a0z | ||||||
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タイトル | HEMOGLOBIN (VAL BETA1 MET) MUTANT | ||||||
要素 |
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キーワード | OXYGEN TRANSPORT (血液) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / hemoglobin complex / 血液 / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / hemoglobin complex / 血液 / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / 血小板 / oxygen binding / 血圧 / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / ISOMORPHOUS WITH DEOXYHEMOGLOBIN A / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Kavanaugh, J.S. / Arnone, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: High-resolution crystal structures of human hemoglobin with mutations at tryptophan 37beta: structural basis for a high-affinity T-state,. 著者: Kavanaugh, J.S. / Weydert, J.A. / Rogers, P.H. / Arnone, A. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992 タイトル: High-Resolution X-Ray Study of Deoxyhemoglobin Rothschild 37 Beta Trp-->Arg: A Mutation that Creates an Intersubunit Chloride-Binding Site 著者: Kavanaugh, J.S. / Rogers, P.H. / Case, D.A. / Arnone, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1a0z.cif.gz | 128.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1a0z.ent.gz | 101.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1a0z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/1a0z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/1a0z | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.94917, -0.05084, 0.31063), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15150.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: RED BLOOD CELL / 遺伝子: HUMAN BETA GLOBIN / 器官: BLOOD血液 / 遺伝子 (発現宿主): HUMAN BETA GLOBIN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69905 #2: タンパク質 | 分子量: 15922.265 Da / 分子数: 2 / Mutation: V1M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: RED BLOOD CELL / 遺伝子: HUMAN BETA GLOBIN / 器官: BLOOD血液 / 遺伝子 (発現宿主): HUMAN BETA GLOBIN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68871 #3: 化合物 | ChemComp-HEM / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % 解説: DEOXYHEMOGLOBIN A IN THE SAME CELL WAS USED AS THE STARTING MODEL FOR LEAST-SQUARES REFINEMENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 詳細: 10.5% PEG 6000 10 MM POTASSIUM PHOSPHATE PH 7.0 100 MM POTASSIUM CHLORIDE 3 MM SODIUM DITHIONITE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: batch method | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年6月23日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→25 Å / Num. obs: 40065 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 9.8 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.15 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.199 / Mean I/σ(I) obs: 2.77 / Rsym value: 0.199 / % possible all: 88.5 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 262565 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ISOMORPHOUS WITH DEOXYHEMOGLOBIN A 開始モデル: DEOXYHEMOGLOBIN A IN THE SAME CELL, UNPUBLISHED RESULTS N.-L. CHAN AND A. ARNONE 解像度: 2→8 Å / σ(F): 2 詳細: THE STARTING MODEL FOR REFINEMENT WAS AN UNPUBLISHED DEOXYHEMOGLOBIN A STRUCTURE IN THE SAME CELL.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 20.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.167 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |