+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 184d | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | SELF-ASSOCIATION OF A DNA LOOP CREATES A QUADRUPLEX: CRYSTAL STRUCTURE OF D(GCATGCT) AT 1.8 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA (デオキシリボ核酸) / U-DNA / QUADRUPLE HELIX / TETRAPLEX (正六百胞体) / LOOP | 機能・相同性 | デオキシリボ核酸 | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | データ登録者 | Leonard, G.A. / Zhang, S. / Peterson, M.R. / Harrop, S.J. / Helliwell, J.R. / Cruse, W.B.T. / Langlois D'Estaintot, B. / Kennard, O. / Brown, T. / Hunter, W.N. | 引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1995 | タイトル: Self-association of a DNA loop creates a quadruplex: crystal structure of d(GCATGCT) at 1.8 A resolution. 著者: Leonard, G.A. / Zhang, S. / Peterson, M.R. / Harrop, S.J. / Helliwell, J.R. / Cruse, W.B. / d'Estaintot, B.L. / Kennard, O. / Brown, T. / Hunter, W.N. 履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 184d.cif.gz | 13.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb184d.ent.gz | 8.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 184d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/84/184d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/84/184d | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2113.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||
---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.12 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: pH 6.80, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP / Temp details: ROOM TEMPERATURE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18-22 ℃ / pH: 6.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 279 K |
---|---|
検出器 | タイプ: SYNTEX P21 / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 1606 / Num. measured all: 4259 / Rmerge(I) obs: 0.025 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 1.8→7 Å / σ(F): 0 /
| ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→7 Å
| ||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 7 Å / σ(F): 0 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|