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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 149d | ||||||
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タイトル | SOLUTION STRUCTURE OF A PYRIMIDINE(DOT)PURINE(DOT) PYRIMIDINE DNA TRIPLEX CONTAINING T(DOT)AT, C+(DOT)GC AND G(DOT)TA TRIPLES | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA (デオキシリボ核酸) / TRIPLEX | ||||||
機能・相同性 | デオキシリボ核酸 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | 溶液NMR | ||||||
データ登録者 | Radhakrishnan, I. / Patel, D.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1994 タイトル: Solution structure of a pyrimidine.purine.pyrimidine DNA triplex containing T.AT, C+.GC and G.TA triples. 著者: Radhakrishnan, I. / Patel, D.J. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992 タイトル: Three-Dimensional Homonuclear Noesy-Tocsy of an Intramolecular Pyrimidine(Dot)Purine(Dot)Pyrimidine DNA Triplex Containing a Central G(Dot)Ta Triple: Nonexchangeable Proton Assignments ...タイトル: Three-Dimensional Homonuclear Noesy-Tocsy of an Intramolecular Pyrimidine(Dot)Purine(Dot)Pyrimidine DNA Triplex Containing a Central G(Dot)Ta Triple: Nonexchangeable Proton Assignments and Structural Implications 著者: Radhakrishnan, I. / Patel, D.J. / Gao, X. #2: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1992 タイトル: Solution Conformation of a G(Dot)Ta Triple in an Intramolecular Pyrimidine(Dot)Purine(Dot)Pyrimidine DNA Triplex 著者: Radhakrishnan, I. / Patel, D.J. / Veal, J.M. / Gao, X. #3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991 タイトル: NMR Structural Studies of Intramolecular (Y+)N(Dot)(R+)N(Y-)N DNA Triplexes in Solution: Imino and Amino Proton and Nitrogen Markers of G(Dot)Ta Base Triple Formation 著者: Radhakrishnan, I. / Gao, X. / De Los Santos, C. / Live, D. / Patel, D.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 149d.cif.gz | 217.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb149d.ent.gz | 158.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 149d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/49/149d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/49/149d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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Atom site foot note | 1: THREE RESIDUES IN THE SEQUENCE STUDIED ARE CYTOSINES THAT ARE PROTONATED AT THE N3 POSITION. THESE RESIDUES DIFFER FROM "NORMAL" CYTOSINES IN THAT THEY HAVE A PROTON ATTACHED TO THE N3 NITROGEN. ...1: THREE RESIDUES IN THE SEQUENCE STUDIED ARE CYTOSINES THAT ARE PROTONATED AT THE N3 POSITION. THESE RESIDUES DIFFER FROM "NORMAL" CYTOSINES IN THAT THEY HAVE A PROTON ATTACHED TO THE N3 NITROGEN. IT SHOULD BE NOTED THAT THIS IS NOT A PERMANENT MODIFICATION BUT RATHER A CONSEQUENCE OF THE CONDITIONS UNDER WHICH THE SEQUENCE WAS STUDIED. THESE N3-PROTONATED CYTOSINE RESIDUES HAVE BEEN ASSIGNED THE RESIDUE NAME C IN THE ENTRY AND ATOM H3 HAS BEEN FOOTNOTED. | |||||||||
NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2048.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: CHEMICALLY SYNTHESIZED |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 2186.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
#3: DNA鎖 | 分子量: 2064.372 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
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-試料調製
結晶化 | *PLUS 手法: その他 / 詳細: NMR |
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-解析
ソフトウェア |
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NMR software | 名称: X-PLOR / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化 | ||||||||
精密化 | ソフトェア番号: 1 詳細: R VALUE 0.022 RMSD BOND DISTANCES 0.005 ANGSTROMS RMSD BOND ANGLES 2.26 DEGREES | ||||||||
NMRアンサンブル | 登録したコンフォーマーの数: 14 |