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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9807 | |||||||||
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タイトル | Structure of PSI tetramer from Anabaena | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / 光化学系I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / 光合成 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Kato K / Nagao R / Shen JR / Miyazaki N / Akita F | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Structure of a cyanobacterial photosystem I tetramer revealed by cryo-electron microscopy. 著者: Koji Kato / Ryo Nagao / Tian-Yi Jiang / Yoshifumi Ueno / Makio Yokono / Siu Kit Chan / Mai Watanabe / Masahiko Ikeuchi / Jian-Ren Shen / Seiji Akimoto / Naoyuki Miyazaki / Fusamichi Akita / 要旨: Photosystem I (PSI) functions to harvest light energy for conversion into chemical energy. The organisation of PSI is variable depending on the species of organism. Here we report the structure of a ...Photosystem I (PSI) functions to harvest light energy for conversion into chemical energy. The organisation of PSI is variable depending on the species of organism. Here we report the structure of a tetrameric PSI core isolated from a cyanobacterium, Anabaena sp. PCC 7120, analysed by single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) at 3.3 Å resolution. The PSI tetramer has a C2 symmetry and is organised in a dimer of dimers form. The structure reveals interactions at the dimer-dimer interface and the existence of characteristic pigment orientations and inter-pigment distances within the dimer units that are important for unique excitation energy transfer. In particular, characteristic residues of PsaL are identified to be responsible for the formation of the tetramer. Time-resolved fluorescence analyses showed that the PSI tetramer has an enhanced excitation-energy quenching. These structural and spectroscopic findings provide insights into the physiological significance of the PSI tetramer and evolutionary changes of the PSI organisations. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9807.map.gz | 28.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9807-v30.xml emd-9807.xml | 26.6 KB 26.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_9807_fsc.xml | 15.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_9807.png | 72 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9807 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9807 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9807.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.12 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : PSI tetramer
+超分子 #1: PSI tetramer
+分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
+分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 1
+分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center
+分子 #4: Photosystem I reaction center subunit II
+分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV
+分子 #6: Photosystem I reaction center subunit III
+分子 #7: Photosystem I reaction center subunit VIII
+分子 #8: Photosystem I reaction center subunit IX
+分子 #9: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1
+分子 #10: Photosystem I reaction center subunit XI
+分子 #11: Photosystem I reaction center subunit XII
+分子 #12: Photosystem I 4.8 kDa protein
+分子 #13: CHLOROPHYLL A ISOMER
+分子 #14: CHLOROPHYLL A
+分子 #15: PHYLLOQUINONE
+分子 #16: IRON/SULFUR CLUSTER
+分子 #17: BETA-CAROTENE
+分子 #18: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
+分子 #19: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.014 mg/mL | ||||||
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緩衝液 | pH: 6.5 / 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING | ||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |