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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9780 | |||||||||
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タイトル | Molecular basis for pore blockade of human Sodium channel Nav1.2 by mu-conotoxin KIIIA | |||||||||
マップデータ | The map after postprocessing in RELION2.1. | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to pyrethroid / voltage-gated sodium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / voltage-gated potassium channel activity involved in ventricular cardiac muscle cell action potential repolarization / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / nerve development / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane depolarization / paranode region of axon / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / dentate gyrus development ...response to pyrethroid / voltage-gated sodium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / voltage-gated potassium channel activity involved in ventricular cardiac muscle cell action potential repolarization / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / nerve development / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane depolarization / paranode region of axon / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / dentate gyrus development / node of Ranvier / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / voltage-gated sodium channel complex / Interaction between L1 and Ankyrins / voltage-gated sodium channel activity / sodium ion transport / Phase 0 - rapid depolarisation / regulation of heart rate by cardiac conduction / intercalated disc / neuronal action potential / sodium ion transmembrane transport / sodium channel regulator activity / cardiac muscle contraction / T-tubule / myelination / determination of adult lifespan / memory / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / cellular response to hypoxia / nervous system development / presynaptic membrane / gene expression / response to heat / chemical synaptic transmission / neuron apoptotic process / toxin activity / calmodulin binding / axon / glutamatergic synapse / synapse / extracellular region / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Conus kinoshitai (キノシタイモ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Pan X / Li Z / Huang X / Huang G / Shen H / Lei J / Yan N | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2019 タイトル: Molecular basis for pore blockade of human Na channel Na1.2 by the μ-conotoxin KIIIA. 著者: Xiaojing Pan / Zhangqiang Li / Xiaoshuang Huang / Gaoxingyu Huang / Shuai Gao / Huaizong Shen / Lei Liu / Jianlin Lei / Nieng Yan / 要旨: The voltage-gated sodium channel Na1.2 is responsible for the initiation and propagation of action potentials in the central nervous system. We report the cryo-electron microscopy structure of human ...The voltage-gated sodium channel Na1.2 is responsible for the initiation and propagation of action potentials in the central nervous system. We report the cryo-electron microscopy structure of human Na1.2 bound to a peptidic pore blocker, the μ-conotoxin KIIIA, in the presence of an auxiliary subunit, β2, to an overall resolution of 3.0 angstroms. The immunoglobulin domain of β2 interacts with the shoulder of the pore domain through a disulfide bond. The 16-residue KIIIA interacts with the extracellular segments in repeats I to III, placing Lys at the entrance to the selectivity filter. Many interacting residues are specific to Na1.2, revealing a molecular basis for KIIIA specificity. The structure establishes a framework for the rational design of subtype-specific blockers for Na channels. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9780.map.gz | 49 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9780-v30.xml emd-9780.xml | 13.1 KB 13.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9780.png | 17.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9780 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9780 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9780_validation.pdf.gz | 361.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9780_full_validation.pdf.gz | 360.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9780_validation.xml.gz | 6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9780 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9780 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9780.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | The map after postprocessing in RELION2.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.091 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Nav1.2-beta2-KIIIA
全体 | 名称: Nav1.2-beta2-KIIIA |
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要素 |
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-超分子 #1: Nav1.2-beta2-KIIIA
超分子 | 名称: Nav1.2-beta2-KIIIA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 詳細: Ternary complex of Human Nav1.2 with Human Voltage-gated sodium channel auxilliary subunit beta2 and mu-conotoxin KIIIA |
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分子量 | 実験値: 252 kDa/nm |
-超分子 #2: Nav1.2-beta2
超分子 | 名称: Nav1.2-beta2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 詳細: Human Nav1.2 with Human Voltage-gated sodium channel auxilliary subunit beta2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: KIIIA
超分子 | 名称: KIIIA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 詳細: mu-conotoxin KIIIA |
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由来(天然) | 生物種: Conus kinoshitai (キノシタイモ) |
-分子 #1: Human Voltage gated sodium channel sub-type 1.2
分子 | 名称: Human Voltage gated sodium channel sub-type 1.2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MASWSHPQFE KGGGARGGSG GGSWSHPQFE KGFDYKDDDD KGT MAQSVL VPPGPDSFRF FTRESLAAIE QRIAEEKAKR PKQERKDEDD ENGPKPNSDL EAGK SLPFI YGDIPPEMVS VPLEDLDPYY INKKTFIVLN KGKAISRFSA TPALYILTPF NPIRK LAIK ...文字列: MASWSHPQFE KGGGARGGSG GGSWSHPQFE KGFDYKDDDD KGT MAQSVL VPPGPDSFRF FTRESLAAIE QRIAEEKAKR PKQERKDEDD ENGPKPNSDL EAGK SLPFI YGDIPPEMVS VPLEDLDPYY INKKTFIVLN KGKAISRFSA TPALYILTPF NPIRK LAIK ILVHSLFNML IMCTILTNCV FMTMSNPPDW TKNVEYTFTG IYTFESLIKI LARGFC LED FTFLRDPWNW LDFTVITFAY VTEFVDLGNV SALRTFRVLR ALKTISVIPG LKTIVGA LI QSVKKLSDVM ILTVFCLSVF ALIGLQLFMG NLRNKCLQWP PDNSSFEINI TSFFNNSL D GNGTTFNRTV SIFNWDEYIE DKSHFYFLEG QNDALLCGNS SDAGQCPEGY ICVKAGRNP NYGYTSFDTF SWAFLSLFRL MTQDFWENLY QLTLRAAGKT YMIFFVLVIF LGSFYLINLI LAVVAMAYE EQNQATLEEA EQKEAEFQQM LEQLKKQQEE AQAAAAAASA ESRDFSGAGG I GVFSESSS VASKLSSKSE KELKNRRKKK KQKEQSGEEE KNDRVRKSES EDSIRRKGFR FS LEGSRLT YEKRFSSPHQ SLLSIRGSLF SPRRNSRASL FSFRGRAKDI GSENDFADDE HST FEDNDS RRDSLFVPHR HGERRHSNVS QASRASRVLP ILPMNGKMHS AVDCNGVVSL VGGP STLTS AGQLLPEGTT TETEIRKRRS SSYHVSMDLL EDPTSRQRAM SIASILTNTM EELEE SRQK CPPCWYKFAN MCLIWDCCKP WLKVKHLVNL VVMDPFVDLA ITICIVLNTL FMAMEH YPM TEQFSSVLSV GNLVFTGIFT AEMFLKIIAM DPYYYFQEGW NIFDGFIVSL SLMELGL AN VEGLSVLRSF RLLRVFKLAK SWPTLNMLIK IIGNSVGALG NLTLVLAIIV FIFAVVGM Q LFGKSYKECV CKISNDCELP RWHMHDFFHS FLIVFRVLCG EWIETMWDCM EVAGQTMCL TVFMMVMVIG NLVVLNLFLA LLLSSFSSDN LAATDDDNEM NNLQIAVGRM QKGIDFVKRK IREFIQKAF VRKQKALDEI KPLEDLNNKK DSCISNHTTI EIGKDLNYLK DGNGTTSGIG S SVEKYVVD ESDYMSFINN PSLTVTVPIA VGESDFENLN TEEFSSESDM EESKEKLNAT SS SEGSTVD IGAPAEGEQP EVEPEESLEP EACFTEDCVR KFKCCQISIE EGKGKLWWNL RKT CYKIVE HNWFETFIVF MILLSSGALA FEDIYIEQRK TIKTMLEYAD KVFTYIFILE MLLK WVAYG FQVYFTNAWC WLDFLIVDVS LVSLTANALG YSELGAIKSL RTLRALRPLR ALSRF EGMR VVVNALLGAI PSIMNVLLVC LIFWLIFSIM GVNLFAGKFY HCINYTTGEM FDVSVV NNY SECKALIESN QTARWKNVKV NFDNVGLGYL SLLQVATFKG WMDIMYAAVD SRNVELQ PK YEDNLYMYLY FVIFIIFGSF FTLNLFIGVI IDNFNQQKKK FGGQDIFMTE EQKKYYNA M KKLGSKKPQK PIPRPANKFQ GMVFDFVTKQ VFDISIMILI CLNMVTMMVE TDDQSQEMT NILYWINLVF IVLFTGECVL KLISLRYYYF TIGWNIFDFV VVILSIVGMF LAELIEKYFV SPTLFRVIR LARIGRILRL IKGAKGIRTL LFALMMSLPA LFNIGLLLFL VMFIYAIFGM S NFAYVKRE VGIDDMFNFE TFGNSMICLF QITTSAGWDG LLAPILNSGP PDCDPDKDHP GS SVKGDCG NPSVGIFFFV SYIIISFLVV VNMYIAVILE NFSVATEESA EPLSEDDFEM FYE VWEKFD PDATQFIEFA KLSDFADALD PPLLIAKPNK VQLIAMDLPM VSGDRIHCLD ILFA FTKRV LGESGEMDAL RIQMEERFMA SNPSKVSYEP ITTTLKRKQE EVSAIIIQRA YRRYL LKQK VKKVSSIYKK DKGKECDGTP IKEDTLIDKL NENSTPEKTD MTPSTTSPPS YDSVTK PEK EKFEKDKSEK EDKGKDIRES KK |
-分子 #2: Sodium channel protein type 2 subunit alpha
分子 | 名称: Sodium channel protein type 2 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GRSMEVTVPA TLNVLNGSDA RLPCTFNSCY TVNHKQFSLN WTYQECNNCS EEMFLQFRMK IINLKLERFQ DRVEFSGNPS KYDVSVMLR NVQPEDEGIY NCYIMNPPDR HRGHGKIHLQ VLM |
-分子 #3: Mu-conotoxin KIIIA
分子 | 名称: Mu-conotoxin KIIIA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Conus kinoshitai (キノシタイモ) |
配列 | 文字列: CCNCSSKWCR DHSRCC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 5.9 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 48.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 200275 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-6j8e: |