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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9674 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of CV-A10 mature virion | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Coxsackievirus A10 / Mature virion / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / カプシド / symbiont-mediated suppression of host gene expression / virion attachment to host cell / structural molecule activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen JH / Ye XH | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2019 タイトル: Coxsackievirus A10 atomic structure facilitating the discovery of a broad-spectrum inhibitor against human enteroviruses. 著者: Jinhuan Chen / Xiaohua Ye / Xue-Yang Zhang / Zhengdan Zhu / Xiang Zhang / Zhijian Xu / Zhanyu Ding / Gang Zou / Qingwei Liu / Liangliang Kong / Wen Jiang / Weiliang Zhu / Yao Cong / Zhong Huang / 要旨: Coxsackievirus A10 (CV-A10) belongs to the species A and is a causative agent of hand, foot, and mouth disease. Here we present cryo-EM structures of CV-A10 mature virion and native empty particle ...Coxsackievirus A10 (CV-A10) belongs to the species A and is a causative agent of hand, foot, and mouth disease. Here we present cryo-EM structures of CV-A10 mature virion and native empty particle (NEP) at 2.84 and 3.12 Å, respectively. Our CV-A10 mature virion structure reveals a density corresponding to a lipidic pocket factor of 18 carbon atoms in the hydrophobic pocket formed within viral protein 1. By structure-guided high-throughput drug screening and subsequent verification in cell-based infection-inhibition assays, we identified four compounds that inhibited CV-A10 infection in vitro. These compounds represent a new class of anti-enteroviral drug leads. Notably, one of the compounds, ICA135, also exerted broad-spectrum inhibitory effects on a number of representative viruses from all four species (A-D) of human enteroviruses. Our findings should facilitate the development of broadly effective drugs and vaccines for enterovirus infections. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9674.map.gz | 41.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9674-v30.xml emd-9674.xml | 12.2 KB 12.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9674.png | 109.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-9674.cif.gz | 5.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9674 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9674 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9674.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.005 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Coxsackievirus A10
全体 | 名称: Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Coxsackievirus A10
超分子 | 名称: Coxsackievirus A10 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 / NCBI-ID: 42769 / 生物種: Coxsackievirus A10 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: VP1
分子 | 名称: VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス) |
分子量 | 理論値: 33.088219 KDa |
配列 | 文字列: GDPVEDIIHD ALGNTARRAI SGATNVESAA DTTPSSHRLE TGRVPALQAA ETGATSNATD ENMIETRCVI NRNGVLETTI NHFFSRSGL VGVVNLTDGG DTTGYATWDI DIMGFVQLRR KCEMFTYMRF NAEFTFVTTT KSGEARPYML QYMYVPPGAP K PTGRDAFQ ...文字列: GDPVEDIIHD ALGNTARRAI SGATNVESAA DTTPSSHRLE TGRVPALQAA ETGATSNATD ENMIETRCVI NRNGVLETTI NHFFSRSGL VGVVNLTDGG DTTGYATWDI DIMGFVQLRR KCEMFTYMRF NAEFTFVTTT KSGEARPYML QYMYVPPGAP K PTGRDAFQ WQTATNPSVF VKLTDPPAQV SVPFMSPASA YQWFYDGYPT FGQHPETSNT TYGLCPNNMM GTFAVRVVSR EA SQLKLQT RVYMKLKHVR AWVPRPIRSQ PYLLKNFPNY DSSKITNSAR DRSSIKQANM UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #2: VP2
分子 | 名称: VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス) |
分子量 | 理論値: 27.741023 KDa |
配列 | 文字列: SPSVEACGYS DRVAQLTVGN SSITTQEAAN IVLAYGEWPE YCPDTDATAV DKPTRPDVSV NRFYTLDSKM WQENSTGWYW KFPDVLNKT GVFGQNAQFH YLYRSGFCLH VQCNASKFHQ GALLVAVIPE FVIAGRGSNT KPNEAPHPGF TTTFPGTTGA T FHDPYVLD ...文字列: SPSVEACGYS DRVAQLTVGN SSITTQEAAN IVLAYGEWPE YCPDTDATAV DKPTRPDVSV NRFYTLDSKM WQENSTGWYW KFPDVLNKT GVFGQNAQFH YLYRSGFCLH VQCNASKFHQ GALLVAVIPE FVIAGRGSNT KPNEAPHPGF TTTFPGTTGA T FHDPYVLD SGVPLSQALI YPHQWVNLRT NNCATVIVPY INAVPFDSAI NHSNFGLVVV PVSPLKYSSG ATTAIPITIT IA PLNSEFG GLRQAVSQ UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #3: VP3
分子 | 名称: VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス) |
分子量 | 理論値: 26.187623 KDa |
配列 | 文字列: GIPAELRPGT NQFLTTDDDT AAPILPGFTP TPTIHIPGEV HSLLELCRVE TILEVNNTTE ATGLTRLLIP VSSQNKADEL CAAFMVDPG RIGPWQSTLV GQICRYYTQW SGSLKVTFMF TGSFMATGKM LVAYSPPGSA QPANRETAML GTHVIWDFGL Q SSVSLVIP ...文字列: GIPAELRPGT NQFLTTDDDT AAPILPGFTP TPTIHIPGEV HSLLELCRVE TILEVNNTTE ATGLTRLLIP VSSQNKADEL CAAFMVDPG RIGPWQSTLV GQICRYYTQW SGSLKVTFMF TGSFMATGKM LVAYSPPGSA QPANRETAML GTHVIWDFGL Q SSVSLVIP WISNTHFRTA KTGGNYDYYT AGVVTLWYQT NYVVPPETPG EAYIIAMGAA QDNFTLKICK DTDEVTQQAV LQ UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #4: VP4
分子 | 名称: VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス) |
分子量 | 理論値: 7.464104 KDa |
配列 | 文字列: MGAQVSTQKS GSHETGNVAT GGSTINFTNI NYYKDSYAAS ATRQDFTQDP KKFTQPVLDS IRELSAPLN UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #5: SPHINGOSINE
分子 | 名称: SPHINGOSINE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: SPH |
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分子量 | 理論値: 299.492 Da |
Chemical component information | ChemComp-SPH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 8.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 13273 |