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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9363 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of M. spretus Endogenous Virus Element (EVE) Virus-like particle (VLP) | ||||||||||||
マップデータ | Icosahedrally averaged density map of M. spretus Endogenous Virus Element (EVE) Virus-like particle (VLP) | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | Mus spretus / VLP / EVE / VIRUS LIKE PARTICLE | ||||||||||||
生物種 | Mus spretus (アルジェリアハツカネズミ) / Parvoviridae (ウイルス) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.89 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Callaway HM / Subramanian S | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2019 タイトル: Examination and Reconstruction of Three Ancient Endogenous Parvovirus Capsid Protein Gene Remnants Found in Rodent Genomes. 著者: Heather M Callaway / Suriyasri Subramanian / Christian A Urbina / Karen N Barnard / Robert A Dick / Carol M Bator / Susan L Hafenstein / Robert J Gifford / Colin R Parrish / 要旨: Parvovirus-derived endogenous viral elements (EVEs) have been found in the genomes of many different animal species, resulting from integration events that may have occurred from more than 50 million ...Parvovirus-derived endogenous viral elements (EVEs) have been found in the genomes of many different animal species, resulting from integration events that may have occurred from more than 50 million years ago to much more recently. Here, we further investigate the properties of autonomous parvovirus EVEs and describe their relationships to contemporary viruses. While we did not find any intact capsid protein open reading frames in the integrated viral sequences, we examined three EVEs that were repaired to form full-length sequences with relatively few changes. These sequences were found in the genomes of (brown rat), (Algerian mouse), and (wood mouse). The sequence was not present in the genomes of the closely related species , , , and , indicating that it was less than 2 million years old, and the and sequences were not found in the published genomes of other mouse species, also indicating relatively recent insertions. The VP2 sequence assembled into capsids, which had high thermal stability, bound the sialic acid -acetylneuraminic acid, and entered murine L cells. The 3.89-Å structure of the virus-like particles (VLPs), determined using cryo-electron microscopy, showed similarities to rodent and porcine parvovirus capsids. The repaired VP2 sequences from and did not assemble as first prepared, but chimeras combining capsid surface loops from with canine parvovirus assembled, allowing some of that capsid's structures and functions to be examined. Parvovirus endogenous viral elements (EVEs) that have been incorporated into the genomes of different animals represent remnants of the DNA sequences of ancient viruses that infected the ancestors of those animals millions of years ago, but we know little about their properties or how they differ from currently circulating parvoviruses. By expressing the capsid proteins of different parvovirus EVEs that were found integrated into the genomes of three different rodents, we can examine their structures and functions. A VP2 (major capsid protein) EVE sequence from a mouse genome assembled into capsids that had a similar structure and biophysical properties to extant parvoviruses and also bound sialic acids and entered rodent cells. Chimeras formed from combinations of canine parvovirus and portions of the parvovirus sequences from the brown rat genome allowed us to examine the structures and functions of the surface loops of that EVE capsid. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9363.map.gz | 180.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9363-v30.xml emd-9363.xml | 13.2 KB 13.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_9363_fsc.xml | 13.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_9363.png | 298.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-9363.cif.gz | 6.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9363 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9363 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9363_validation.pdf.gz | 704.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9363_full_validation.pdf.gz | 704.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9363_validation.xml.gz | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_9363_validation.cif.gz | 17.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9363 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9363 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9363.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 193.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Icosahedrally averaged density map of M. spretus Endogenous Virus Element (EVE) Virus-like particle (VLP) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Parvoviridae
全体 | 名称: Parvoviridae (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Parvoviridae
超分子 | 名称: Parvoviridae / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10780 / 生物種: Parvoviridae / Sci species strain: Mus spretus endogenous viral element / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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宿主 | 生物種: Mus spretus (アルジェリアハツカネズミ) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 250.0 Å / T番号(三角分割数): 1 |
-分子 #1: Mus Spretus Endogenous Viral Element
分子 | 名称: Mus Spretus Endogenous Viral Element / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus spretus (アルジェリアハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 63.76059 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MSHDAQPNEQ PNTGIELATG GNGSGSSGGG GRGAGGVGVS TGSFNNQTEF HYLGDGLVQI TAHASRLVHL NMPEHESYRR INVLNSEAG VAGQMVQDDA HSQMVTPWSL VDANAWGVWF NPGDWQLITN NMTELNLVSF EQEIFNVVLK TITESATTPP T KIYNNDLT ...文字列: MSHDAQPNEQ PNTGIELATG GNGSGSSGGG GRGAGGVGVS TGSFNNQTEF HYLGDGLVQI TAHASRLVHL NMPEHESYRR INVLNSEAG VAGQMVQDDA HSQMVTPWSL VDANAWGVWF NPGDWQLITN NMTELNLVSF EQEIFNVVLK TITESATTPP T KIYNNDLT ASLMVALDTN NTLPYTPAAP RSETLGFYPW LPTKPTHYRY YMTCTRNLTP PTHTGQAGTI TNTISAPTHS DV MFYTIEN AVPIHLLRTG DEFSTGTYYF DTKPLKMTHS WQTNRSLGLP PKLATEPTTE GQQHTGTLKA ATDREGIHQT INN SYTEAT ALRPAQVGYN TPYMNFEYSD GGPFLTPIVP VYDTQYNADE PNGAYRITMG YQHGQITTAT ELGRYTLNPI SKGG RAPNQ EFNQSSPLQM ENTLNGTLLP TDPIGGKTDI HFTNTLNTYG PLTALNNTPP IYPNGQIWDK ELDADLKPRL HVTAP FVCK NNPPGQLFVK IAPNLTDDFN ADSPQQPRII TYSNFWWKGT LTFTARMRSS NMWNPIHQHT TTNDNIVNYM PSNIGG MRL YPEIPQLIPR KLY |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: Phosphate buffered saline pH 7.4 | |||||||||||||||
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グリッド | 詳細: unspecified | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 実像数: 2082 / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |