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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9341 | |||||||||
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タイトル | Structure of the type VI secretion system TssK-TssF-TssG baseplate subcomplex revealed by cryo-electron microscopy - full map sharpened | |||||||||
マップデータ | Type VI secretion system TssK-TssF-TssG baseplate subcomplex, sharpened map | |||||||||
試料 |
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キーワード | Type VI secretion system / enteroaggregative E. coli / protein secretion / baseplate / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / PROTEIN TRANSPORT | |||||||||
機能・相同性 | Type VI secretion system TssF / Type VI secretion system, TssF / Type VI secretion, TssG-like / Type VI secretion, TssG / Type VI secretion system TssK / Bacterial Type VI secretion, VC_A0110, EvfL, ImpJ, VasE / Type VI secretion protein / Type VI secretion protein / Putative type VI secretion protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli O44:H18 (strain 042 / EAEC) (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Park YJ / Lacourse KD / Cambillau C / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / DiMaio F / Mougous JD / Veesler D | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Structure of the type VI secretion system TssK-TssF-TssG baseplate subcomplex revealed by cryo-electron microscopy. 著者: Young-Jun Park / Kaitlyn D Lacourse / Christian Cambillau / Frank DiMaio / Joseph D Mougous / David Veesler / 要旨: Type VI secretion systems (T6SSs) translocate effectors into target cells and are made of a contractile sheath and a tube docked onto a multi-protein transmembrane complex via a baseplate. Although ...Type VI secretion systems (T6SSs) translocate effectors into target cells and are made of a contractile sheath and a tube docked onto a multi-protein transmembrane complex via a baseplate. Although some information is available about the mechanisms of tail contraction leading to effector delivery, the detailed architecture and function of the baseplate remain unknown. Here, we report the 3.7 Å resolution cryo-electron microscopy reconstruction of an enteroaggregative Escherichia coli baseplate subcomplex assembled from TssK, TssF and TssG. The structure reveals two TssK trimers interact with a locally pseudo-3-fold symmetrical complex comprising two copies of TssF and one copy of TssG. TssF and TssG are structurally related to each other and to components of the phage T4 baseplate and of the type IV secretion system, strengthening the evolutionary relationships among these macromolecular machines. These results, together with bacterial two-hybrid assays, provide a structural framework to understand the T6SS baseplate architecture. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9341.map.gz | 6.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9341-v30.xml emd-9341.xml | 17.6 KB 17.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9341.png | 142.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-9341.cif.gz | 6.5 KB | ||
その他 | emd_9341_additional.map.gz | 71.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9341 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9341 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9341_validation.pdf.gz | 361.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9341_full_validation.pdf.gz | 361.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9341_validation.xml.gz | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_9341_validation.cif.gz | 7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9341 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9341 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9341.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Type VI secretion system TssK-TssF-TssG baseplate subcomplex, sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.37 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Type VI secretion system TssK-TssF-TssG baseplate subcomplex, unsharpened...
ファイル | emd_9341_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Type VI secretion system TssK-TssF-TssG baseplate subcomplex, unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : TssK-TssF-TssG T6SS baseplate subcomplex
全体 | 名称: TssK-TssF-TssG T6SS baseplate subcomplex |
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要素 |
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-超分子 #1: TssK-TssF-TssG T6SS baseplate subcomplex
超分子 | 名称: TssK-TssF-TssG T6SS baseplate subcomplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli O44:H18 (strain 042 / EAEC) (大腸菌) |
-分子 #1: Putative type VI secretion protein
分子 | 名称: Putative type VI secretion protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli O44:H18 (strain 042 / EAEC) (大腸菌) 株: 042 / EAEC |
分子量 | 理論値: 66.557125 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MDDLTLRYFD AEMRYLREAG KAFAQAHPDR AAMLDLDKAG TPDPCVERLF EGFAFSMGRL RQKIDDDLPE LTESLVSMLW PHYLRTIPS LSVVALTPRL SVMKMAETVP AGLEVTSRPV GPGNTVCRYR TTRAIPLNPL AVEKVVMTTE PDGRSVLKIG F ACSELADW ...文字列: MDDLTLRYFD AEMRYLREAG KAFAQAHPDR AAMLDLDKAG TPDPCVERLF EGFAFSMGRL RQKIDDDLPE LTESLVSMLW PHYLRTIPS LSVVALTPRL SVMKMAETVP AGLEVTSRPV GPGNTVCRYR TTRAIPLNPL AVEKVVMTTE PDGRSVLKIG F ACSELADW SQVDLHRLSL YLAAEAPVSS TLHLMMTKRL AALYLRLPGN DERIRIDGWF SPGGFAEEDR LWPKGDSAFS GY QLLLEYF TFREKFMFVH LNGLENVSLP AGISGFDLEV VLSQPWPADL PVTDDALCLH CVPVINLFTL EADPLIINGL ESE YLLRPK RLQDGYTEIY SVDAVTGSGR TGSAEYVPFT SFRHRGGMLR HDAPERYYHT RVKRGVTGMY DTWLILGGQR WEAD RMPER ETLSLRITGT NGQLPRRALQ STLLDRCEQV LQAPVSVRNL CKPTLPVYPP TEDRFHWRVM SHLGTGFLNM LSSAE VLRG TLALYNWRDD ELNHRRLDAI LAVQHHRIQR FEKGFLLRGL DVEVTLDGNG FAGEGDIHLF GEMLNRFLAL YADMNQ FNQ LTLIVQPEGK CIRWKENHNP RLPG UniProtKB: Type VI secretion protein |
-分子 #2: Putative type VI secretion protein
分子 | 名称: Putative type VI secretion protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli O44:H18 (strain 042 / EAEC) (大腸菌) 株: 042 / EAEC |
分子量 | 理論値: 33.787875 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGFPASEIKD AVIPEESHLP PIVHVTFMGL YGVTSPLPAH YISDIAQQRE GHEAAADFLD IFSHRLITQY YRIWRKYSYP ATFEAGGQD KTSQYLLGLA RLGIPGCAQN IATPVSRFLA LLPLMLLPGR TAEGLTSLVT LLAPGTQARV WHHDRRRIPL K TPLTMRVH ...文字列: MGFPASEIKD AVIPEESHLP PIVHVTFMGL YGVTSPLPAH YISDIAQQRE GHEAAADFLD IFSHRLITQY YRIWRKYSYP ATFEAGGQD KTSQYLLGLA RLGIPGCAQN IATPVSRFLA LLPLMLLPGR TAEGLTSLVT LLAPGTQARV WHHDRRRIPL K TPLTMRVH HPVSLKSRPV MGDHATDVNG QVLLQLSTQT GSEVQGWLPG GHLYSDLLAL LHVYLGSRLD VRLQLCVERS LL PDARLSC RPAAGSPQLG RTAVMRTQAK IATSAARVMT ISLGRYQRVQ EHYQRKETQE NGDYRW UniProtKB: Putative type VI secretion protein |
-分子 #3: Unassigned protein
分子 | 名称: Unassigned protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli O44:H18 (strain 042 / EAEC) (大腸菌) 株: strain 042 / EAEC |
分子量 | 理論値: 1.805216 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) |
-分子 #4: Putative type VI secretion protein
分子 | 名称: Putative type VI secretion protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli O44:H18 (strain 042 / EAEC) (大腸菌) 株: 042 / EAEC |
分子量 | 理論値: 36.57768 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKIYRPLWED GAFLMPQQFQ QQAAWDVHLA DSVARMGLAH PWGVVAAEFD DSLLPLSRLN ATRLIVRFPD GTLIDTERAD NLPPVCDLS TVSDRSLVDI VLALPLLNAN GGNLDNGSES ERPRRWKSER VNVQELAGHE QSEVAVLRHN LTLRMAHQEN A AWLTCPVT ...文字列: MKIYRPLWED GAFLMPQQFQ QQAAWDVHLA DSVARMGLAH PWGVVAAEFD DSLLPLSRLN ATRLIVRFPD GTLIDTERAD NLPPVCDLS TVSDRSLVDI VLALPLLNAN GGNLDNGSES ERPRRWKSER VNVQELAGHE QSEVAVLRHN LTLRMAHQEN A AWLTCPVT RLVRDAQGQW CRDPRFIPPL LTLSASPSLM TELAELLHHL QARRQRLMSM RRENNARLAD FAVADVSLFW LL NALNSAE PVLKELLDMP YRHPELLYRE LARLAGSLLT FSLEHNVDAV PAYHHETPEN VFPPLLSLLN RLLEASLPSH HHH HH UniProtKB: Type VI secretion protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.12 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.8 |
グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER 詳細: An initial model was obtained using cryosparc abinitio. |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 36496 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) |