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- EMDB-9211: Rabbit muscle aldolase using curated picks -

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基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 9211
タイトルRabbit muscle aldolase using curated picks
マップデータCryosparc v0 with curated picks sharpened
試料Rabbit muscle aldolase:
由来Escherichia coli (大腸菌)
実験手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 2.63Å分解能
データ登録者Bepler T / Morin A / Brasch J / Shapiro L / Noble AJ / Berger B
引用ジャーナル: Res Comput Mol Biol / : 2018
タイトル: Positive-unlabeled convolutional neural networks for particle picking in cryo-electron micrographs.
著者: Tristan Bepler / Andrew Morin / Alex J Noble / Julia Brasch / Lawrence Shapiro / Bonnie Berger
日付登録: 2018年10月15日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2018年10月24日 / マップ公開: 2018年10月24日 / 最新の更新: 2018年10月24日

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.75
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.75
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップデータ

ファイルemd_9211.map.gz (map file in CCP4 format, 67109 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
256 pix
0.83 Å/pix.
= 212.992 Å
256 pix
0.83 Å/pix.
= 212.992 Å
256 pix
0.83 Å/pix.
= 212.992 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度
表面のレベル:0.75 (by author), 0.75 (ムービー #1)
最小 - 最大-2.9163566 - 4.265453
平均 (標準偏差)-0.0018226714 (0.14630745)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions256256256
Origin0.00.00.0
Limit255.0255.0255.0
Spacing256256256
セルA=B=C: 212.992 Å
α=β=γ: 90.0 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8320.8320.832
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z212.992212.992212.992
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ
NX/NY/NZ
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-2.9164.265-0.002

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_9211_msk_1.map
投影像・断面図
ZYX
投影像
断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 Rabbit muscle aldolase

全体名称: Rabbit muscle aldolase / 詳細: Curated picks / 構成要素数: 1

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構成要素 #1: タンパク質, Rabbit muscle aldolase

タンパク質名称: Rabbit muscle aldolase / 詳細: Curated picks / 組換発現: No
由来生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 実験手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 7
支持膜unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 7 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 29000.0 X (公称値) / Cs: 2.7 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
カメラディテクター: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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画像解析

解析実験手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: D2 (2回*2回 2面回転対称) / 投影像の数: 202105
詳細: CryoSparc v0 homogeneous 3D refinement. No particle pre-processing.
3次元再構成ソフトウェア: cryoSPARC / 分解能: 2.63 Å / 分解能の算定法: FSC 0.143 CUT-OFF / オイラー角: Cryosparc v0

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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