+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9211 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Rabbit muscle aldolase using curated picks | |||||||||
マップデータ | Cryosparc v0 with curated picks sharpened | |||||||||
試料 |
| |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.63 Å | |||||||||
データ登録者 | Bepler T / Morin A / Brasch J / Shapiro L / Noble AJ / Berger B | |||||||||
引用 | ジャーナル: Res Comput Mol Biol / 年: 2018 タイトル: Positive-unlabeled convolutional neural networks for particle picking in cryo-electron micrographs. 著者: Tristan Bepler / Andrew Morin / Alex J Noble / Julia Brasch / Lawrence Shapiro / Bonnie Berger / | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9211.map.gz | 59.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-9211-v30.xml emd-9211.xml | 17.4 KB 17.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9211.png | 119.5 KB | ||
マスクデータ | emd_9211_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_9211_additional.map.gz emd_9211_half_map_1.map.gz emd_9211_half_map_2.map.gz | 31.9 MB 59.2 MB 59.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9211 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9211 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9211.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Cryosparc v0 with curated picks sharpened | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.832 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_9211_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: Cryosparc v0 with curated picks unsharpened
ファイル | emd_9211_additional.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Cryosparc v0 with curated picks unsharpened | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Cryosparc v0 with curated picks half map
ファイル | emd_9211_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Cryosparc v0 with curated picks half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Cryosparc v0 with curated picks half map
ファイル | emd_9211_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Cryosparc v0 with curated picks half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Rabbit muscle aldolase
全体 | 名称: Rabbit muscle aldolase |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Rabbit muscle aldolase
超分子 | 名称: Rabbit muscle aldolase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Curated picks |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
---|---|
グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 29000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7420 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7676 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 70.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 202105 詳細: All initial particles were used in the final reconstruction; ie. no particle filtering or classification was performed. |
---|---|
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Cryosparc v0 ab initio |
初期 角度割当 | タイプ: OTHER / 詳細: Cryosparc v0 |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER / 詳細: Cryosparc v0 |
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.63 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / ソフトウェア - バージョン: 0 / 使用した粒子像数: 202105 |
詳細 | CryoSparc v0 homogeneous 3D refinement. No particle pre-processing. |