+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9200 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Mouse Protocadherin gamma B6 cis mutant V563D on membranes (energy filtered) | |||||||||
マップデータ | Protocadherin gamma B6 cis mutant on liposomes | |||||||||
試料 |
| |||||||||
生物種 | Mus (ネズミ) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Brasch J / Noble AJ / Shapiro L / Carragher B / Potter CS | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2019 タイトル: Visualization of clustered protocadherin neuronal self-recognition complexes. 著者: Julia Brasch / Kerry M Goodman / Alex J Noble / Micah Rapp / Seetha Mannepalli / Fabiana Bahna / Venkata P Dandey / Tristan Bepler / Bonnie Berger / Tom Maniatis / Clinton S Potter / Bridget ...著者: Julia Brasch / Kerry M Goodman / Alex J Noble / Micah Rapp / Seetha Mannepalli / Fabiana Bahna / Venkata P Dandey / Tristan Bepler / Bonnie Berger / Tom Maniatis / Clinton S Potter / Bridget Carragher / Barry Honig / Lawrence Shapiro / 要旨: Neurite self-recognition and avoidance are fundamental properties of all nervous systems. These processes facilitate dendritic arborization, prevent formation of autapses and allow free interaction ...Neurite self-recognition and avoidance are fundamental properties of all nervous systems. These processes facilitate dendritic arborization, prevent formation of autapses and allow free interaction among non-self neurons. Avoidance among self neurites is mediated by stochastic cell-surface expression of combinations of about 60 isoforms of α-, β- and γ-clustered protocadherin that provide mammalian neurons with single-cell identities. Avoidance is observed between neurons that express identical protocadherin repertoires, and single-isoform differences are sufficient to prevent self-recognition. Protocadherins form isoform-promiscuous cis dimers and isoform-specific homophilic trans dimers. Although these interactions have previously been characterized in isolation, structures of full-length protocadherin ectodomains have not been determined, and how these two interfaces engage in self-recognition between neuronal surfaces remains unknown. Here we determine the molecular arrangement of full-length clustered protocadherin ectodomains in single-isoform self-recognition complexes, using X-ray crystallography and cryo-electron tomography. We determine the crystal structure of the clustered protocadherin γB4 ectodomain, which reveals a zipper-like lattice that is formed by alternating cis and trans interactions. Using cryo-electron tomography, we show that clustered protocadherin γB6 ectodomains tethered to liposomes spontaneously assemble into linear arrays at membrane contact sites, in a configuration that is consistent with the assembly observed in the crystal structure. These linear assemblies pack against each other as parallel arrays to form larger two-dimensional structures between membranes. Our results suggest that the formation of ordered linear assemblies by clustered protocadherins represents the initial self-recognition step in neuronal avoidance, and thus provide support for the isoform-mismatch chain-termination model of protocadherin-mediated self-recognition, which depends on these linear chains. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9200.map.gz | 1.9 GB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-9200-v30.xml emd-9200.xml | 13.9 KB 13.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9200.png | 210.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9200 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9200 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9200_validation.pdf.gz | 78.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_9200_full_validation.pdf.gz | 77.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9200_validation.xml.gz | 497 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9200 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9200 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9197C 9198C 9199C 6e6bC C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10234 (タイトル: Single particle cryoEM of mouse protocadherin gamma B6 Data size: 438.8 / Data #1: Micrograph frames [micrographs - multiframe] Data #2: Micrographs along with all other magnification images from the collection [micrographs - single frame]) EMPIAR-10236 (タイトル: CryoET of cis-mutated mouse protocadherin gamma B6 on membranes Data size: 379.7 / Data #1: K2 tilt-series frames [micrographs - multiframe] Data #2: Whole-frame aligned tilt images along with all other magnification images from the collection [micrographs - single frame] Data #3: Appion-Protomo tilt-series alignments [tilt series]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9200.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.2 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Protocadherin gamma B6 cis mutant on liposomes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 7.04 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : mouse protocadherin Gamma B6 cis mutant V563D on liposomes
全体 | 名称: mouse protocadherin Gamma B6 cis mutant V563D on liposomes |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: mouse protocadherin Gamma B6 cis mutant V563D on liposomes
超分子 | 名称: mouse protocadherin Gamma B6 cis mutant V563D on liposomes タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: mutant protocadherin gamma B6 ectodomains are tethered to membranes through binding of C-terminal octa-histidine tags to Ni-NTA lipid head groups presented on the liposome surface. |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Mus (ネズミ) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: human embryonic kidney 293 freestyle / 組換プラスミド: pi alpha |
-超分子 #2: mouse protocadherin gamma B6 cis mutant V563D EC1-6
超分子 | 名称: mouse protocadherin gamma B6 cis mutant V563D EC1-6 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: all / 詳細: C-terminal octa-hisitidine tag, mutation V563D |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Mus (ネズミ) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: human embryonic kidney 293 freestyle / 組換プラスミド: pi alpha |
-超分子 #3: liposomes
超分子 | 名称: liposomes / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 詳細: liposomes composed of DOPC and DOGS-NTA (8:2 ratio) |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Mus (ネズミ) |
-分子 #1: mouse protocadherin gamma B6 cis mutant V563D
分子 | 名称: mouse protocadherin gamma B6 cis mutant V563D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GQPVRYSIPE ELDRGSVVGK LAKDLGLSVL EVSSRKLRVS AEKLHFSVDS ESGDLLVKDR IDREQICKG RRKCELQLEA VLENPLNIFH VVVGIEDVND NAPQFEKKET RLEILETVAV G TRIPLEPA TDPDINLNSV KDYQISSNPY FSLMVRVNPD GGKTPELSLE ...文字列: GQPVRYSIPE ELDRGSVVGK LAKDLGLSVL EVSSRKLRVS AEKLHFSVDS ESGDLLVKDR IDREQICKG RRKCELQLEA VLENPLNIFH VVVGIEDVND NAPQFEKKET RLEILETVAV G TRIPLEPA TDPDINLNSV KDYQISSNPY FSLMVRVNPD GGKTPELSLE KLLDREEQRS HR LILTALD GGDPPRSATT QIEISVKDNN DNPPVFSKEE YWVSVSENLS PGSSVLQVTA TDE DEGVNA EILYYFRSTA QSTRHVFSLD EKTGVIKNNQ SLDFEDIERY TMEVEAKDGG GLST RCKII IEVLDENDNS PEITITSLSD HILENSPPGV VVVLFKTRDR DFGGNGEVTC DIGKD LPFK IQASSSNYYK LVTDGALDRE QNPQYNVTIT ATDKGKPALS SSTTIVLHIT DINDNA PAF QKSSYIVHVA ENNPPGASIA QVSASDPDLG ANGHVSYSII ASDLEPKSLW SYVTVNA QS GVVFAQRAFD HEQLRSFQLT LQARDQGKPS LSANVSMRVL VGDRNDNAPR VLYPALEP D GSALFDMVPR AAEPGYLVTK VDAVDADSGH NAWLSYHVLQ ASDPGLFSLG LRTGEVRTA RALGEKDAAR QRLLVGVRDG GQPPLSATAT LLLVFADSLQ EHHHHHHHH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | 3D array |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
| |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 65 % / チャンバー内温度: 298.15 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 詳細: 2.5 second blot before plunging.. | |||||||||||||||
詳細 | liposomes at 0.5mM | |||||||||||||||
Cryo protectant | 5% glycerol | |||||||||||||||
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 1.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.001 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | アルゴリズム: SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT) / ソフトウェア - 名称: TOMO3D / 使用した粒子像数: 54 |
---|