[日本語] English
万見
- EMDB-9198: Mouse Protocadherin gamma B6 on membranes -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9198
タイトルMouse Protocadherin gamma B6 on membranes
マップデータmouse protocadherin gamma b6 ectodomains form ordered zipper arrays on membranes
試料
  • 複合体: mouse protocadherin Gamma B6 on liposomes
    • 複合体: mouse protocadherin gamma B6 EC1-6
      • タンパク質・ペプチド: mouse Protocadherin gamma B6
    • 複合体: liposomes
生物種Mus (ネズミ) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Brasch J / Noble AJ / Shapiro L / Carragher B / Potter CS
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Visualization of clustered protocadherin neuronal self-recognition complexes.
著者: Julia Brasch / Kerry M Goodman / Alex J Noble / Micah Rapp / Seetha Mannepalli / Fabiana Bahna / Venkata P Dandey / Tristan Bepler / Bonnie Berger / Tom Maniatis / Clinton S Potter / Bridget ...著者: Julia Brasch / Kerry M Goodman / Alex J Noble / Micah Rapp / Seetha Mannepalli / Fabiana Bahna / Venkata P Dandey / Tristan Bepler / Bonnie Berger / Tom Maniatis / Clinton S Potter / Bridget Carragher / Barry Honig / Lawrence Shapiro /
要旨: Neurite self-recognition and avoidance are fundamental properties of all nervous systems. These processes facilitate dendritic arborization, prevent formation of autapses and allow free interaction ...Neurite self-recognition and avoidance are fundamental properties of all nervous systems. These processes facilitate dendritic arborization, prevent formation of autapses and allow free interaction among non-self neurons. Avoidance among self neurites is mediated by stochastic cell-surface expression of combinations of about 60 isoforms of α-, β- and γ-clustered protocadherin that provide mammalian neurons with single-cell identities. Avoidance is observed between neurons that express identical protocadherin repertoires, and single-isoform differences are sufficient to prevent self-recognition. Protocadherins form isoform-promiscuous cis dimers and isoform-specific homophilic trans dimers. Although these interactions have previously been characterized in isolation, structures of full-length protocadherin ectodomains have not been determined, and how these two interfaces engage in self-recognition between neuronal surfaces remains unknown. Here we determine the molecular arrangement of full-length clustered protocadherin ectodomains in single-isoform self-recognition complexes, using X-ray crystallography and cryo-electron tomography. We determine the crystal structure of the clustered protocadherin γB4 ectodomain, which reveals a zipper-like lattice that is formed by alternating cis and trans interactions. Using cryo-electron tomography, we show that clustered protocadherin γB6 ectodomains tethered to liposomes spontaneously assemble into linear arrays at membrane contact sites, in a configuration that is consistent with the assembly observed in the crystal structure. These linear assemblies pack against each other as parallel arrays to form larger two-dimensional structures between membranes. Our results suggest that the formation of ordered linear assemblies by clustered protocadherins represents the initial self-recognition step in neuronal avoidance, and thus provide support for the isoform-mismatch chain-termination model of protocadherin-mediated self-recognition, which depends on these linear chains.
履歴
登録2018年10月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年11月7日-
マップ公開2019年4月17日-
更新2019年5月22日-
現状2019年5月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
添付画像

emd_9198.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9198.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.6 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈mouse protocadherin gamma b6 ectodomains form ordered zipper arrays on membranes
ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.04 Å
密度
最小 - 最大-0.021014731 - 0.04435058
平均 (標準偏差)0.010280798 (±0.00416863)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00-70
サイズ926958496
Spacing958926496
セルA: 6744.32 Å / B: 6519.04 Å / C: 3491.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z7.047.047.04
M x/y/z958926496
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z6744.3206519.0403491.840
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ513513513
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS00-70
NC/NR/NS958926496
D min/max/mean-0.0210.0440.010

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : mouse protocadherin Gamma B6 on liposomes

全体名称: mouse protocadherin Gamma B6 on liposomes
要素
  • 複合体: mouse protocadherin Gamma B6 on liposomes
    • 複合体: mouse protocadherin gamma B6 EC1-6
      • タンパク質・ペプチド: mouse Protocadherin gamma B6
    • 複合体: liposomes

-
超分子 #1: mouse protocadherin Gamma B6 on liposomes

超分子名称: mouse protocadherin Gamma B6 on liposomes / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Protocadherin gamma B6 are tethered to membranes by binding of C-terminal octa-histidine tags to Ni-NTA lipid head groups presented on the liposome surface.
由来(天然)生物種: Mus (ネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: human embryonic kidney 293 freestyle / 組換プラスミド: pi alpha

-
超分子 #2: mouse protocadherin gamma B6 EC1-6

超分子名称: mouse protocadherin gamma B6 EC1-6 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: all / 詳細: C-terminal octa-hisitidine tag
由来(天然)生物種: Mus (ネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: human embryonic kidney 293 freestyle / 組換プラスミド: pi alpha

-
超分子 #3: liposomes

超分子名称: liposomes / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 詳細: liposomes composed of DOPC and DOGS-NTA (8:2 ratio)
由来(天然)生物種: Mus (ネズミ)

-
分子 #1: mouse Protocadherin gamma B6

分子名称: mouse Protocadherin gamma B6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GQPVRYSIPE ELDRGSVVGK LAKDLGLSVL EVSSRKLRVS AEKLHFSVDS ESGDLLVKDR IDREQICKG RRKCELQLEA VLENPLNIFH VVVGIEDVND NAPQFEKKET RLEILETVAV G TRIPLEPA TDPDINLNSV KDYQISSNPY FSLMVRVNPD GGKTPELSLE ...文字列:
GQPVRYSIPE ELDRGSVVGK LAKDLGLSVL EVSSRKLRVS AEKLHFSVDS ESGDLLVKDR IDREQICKG RRKCELQLEA VLENPLNIFH VVVGIEDVND NAPQFEKKET RLEILETVAV G TRIPLEPA TDPDINLNSV KDYQISSNPY FSLMVRVNPD GGKTPELSLE KLLDREEQRS HR LILTALD GGDPPRSATT QIEISVKDNN DNPPVFSKEE YWVSVSENLS PGSSVLQVTA TDE DEGVNA EILYYFRSTA QSTRHVFSLD EKTGVIKNNQ SLDFEDIERY TMEVEAKDGG GLST RCKII IEVLDENDNS PEITITSLSD HILENSPPGV VVVLFKTRDR DFGGNGEVTC DIGKD LPFK IQASSSNYYK LVTDGALDRE QNPQYNVTIT ATDKGKPALS SSTTIVLHIT DINDNA PAF QKSSYIVHVA ENNPPGASIA QVSASDPDLG ANGHVSYSII ASDLEPKSLW SYVTVNA QS GVVFAQRAFD HEQLRSFQLT LQARDQGKPS LSANVSMRVL VGDRNDNAPR VLYPALEP D GSALFDMVPR AAEPGYLVTK VVAVDADSGH NAWLSYHVLQ ASDPGLFSLG LRTGEVRTA RALGEKDAAR QRLLVGVRDG GQPPLSATAT LLLVFADSLQ EHHHHHHHH

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態3D array

-
試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
10.0 mMTris-CLtris(hydroxymethyl)aminomethane chloride
3.0 mMCaCl2Calcium chloride
250.0 mMImidazoleイミダゾールImidazoleイミダゾール
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 298.15 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3
Cryo protectant5% glycerol
切片作成その他: NO SECTIONING

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 1.4 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成アルゴリズム: SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT) / ソフトウェア - 名称: TOMO3D / 使用した粒子像数: 30

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る