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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8949 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the centromeric nucleosome (Native alpha satellite DNA) in complex with a single chain antibody fragment | |||||||||
マップデータ | main map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 CENP-A containing chromatin assembly / protein localization to chromosome, centromeric region / kinetochore assembly / condensed chromosome, centromeric region / establishment of mitotic spindle orientation / protein localization to CENP-A containing chromatin / CENP-A containing nucleosome / mitotic cytokinesis / chromosome, centromeric region / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway ...CENP-A containing chromatin assembly / protein localization to chromosome, centromeric region / kinetochore assembly / condensed chromosome, centromeric region / establishment of mitotic spindle orientation / protein localization to CENP-A containing chromatin / CENP-A containing nucleosome / mitotic cytokinesis / chromosome, centromeric region / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / arachidonate 15-lipoxygenase / arachidonate 15-lipoxygenase activity / Packaging Of Telomere Ends / lipoxygenase pathway / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / pericentric heterochromatin / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / arachidonate metabolic process / lipid oxidation / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / hepoxilin biosynthetic process / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / linoleic acid metabolic process / Meiotic synapsis / Inhibition of DNA recombination at telomere / nucleosomal DNA binding / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / HCMV Late Events / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / Meiotic recombination / innate immune response in mucosa / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / HDACs deacetylate histones / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / RNA Polymerase I Promoter Escape / RHO GTPases Activate Formins / Transcriptional regulation by small RNAs / lipopolysaccharide binding / Transcriptional regulation of granulopoiesis / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / HCMV Early Events / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / G2/M DNA damage checkpoint / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / heterochromatin formation / RMTs methylate histone arginines / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Metalloprotease DUBs / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / structural constituent of chromatin / Separation of Sister Chromatids / UCH proteinases / nucleosome / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / Processing of DNA double-strand break ends / nucleosome assembly / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / chromatin organization / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / HATs acetylate histones / antibacterial humoral response / Oxidative Stress Induced Senescence / defense response to Gram-negative bacterium / Estrogen-dependent gene expression / killing of cells of another organism / Ub-specific processing proteases / defense response to Gram-positive bacterium / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / negative regulation of cell population proliferation / chromatin binding / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Yadav KNS / Zhou B-R | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Atomic resolution cryo-EM structure of a native-like CENP-A nucleosome aided by an antibody fragment. 著者: Bing-Rui Zhou / K N Sathish Yadav / Mario Borgnia / Jingjun Hong / Baohua Cao / Ada L Olins / Donald E Olins / Yawen Bai / Ping Zhang / 要旨: Genomic DNA in eukaryotes is organized into chromatin through association with core histones to form nucleosomes, each distinguished by their DNA sequences and histone variants. Here, we used a ...Genomic DNA in eukaryotes is organized into chromatin through association with core histones to form nucleosomes, each distinguished by their DNA sequences and histone variants. Here, we used a single-chain antibody fragment (scFv) derived from the anti-nucleosome antibody mAb PL2-6 to stabilize human CENP-A nucleosome containing a native α-satellite DNA and solved its structure by the cryo-electron microscopy (cryo-EM) to 2.6 Å resolution. In comparison, the corresponding cryo-EM structure of the free CENP-A nucleosome could only reach 3.4 Å resolution. We find that scFv binds to a conserved acidic patch on the histone H2A-H2B dimer without perturbing the nucleosome structure. Our results provide an atomic resolution cryo-EM structure of a nucleosome and insight into the structure and function of the CENP-A nucleosome. The scFv approach is applicable to the structural determination of other native-like nucleosomes with distinct DNA sequences. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8949.map.gz | 59.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8949-v30.xml emd-8949.xml | 26.1 KB 26.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_8949_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_8949.png | 153.7 KB | ||
マスクデータ | emd_8949_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_8949_additional.map.gz emd_8949_half_map_1.map.gz emd_8949_half_map_2.map.gz | 40.3 MB 49.6 MB 49.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8949 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8949 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8949_validation.pdf.gz | 789.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8949_full_validation.pdf.gz | 789 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8949_validation.xml.gz | 16 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_8949_validation.cif.gz | 20.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8949 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8949 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8949.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | main map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.005 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_8949_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_8949_additional.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map1
ファイル | emd_8949_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map2
ファイル | emd_8949_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : CENP-A nucleosome and antibody complex
全体 | 名称: CENP-A nucleosome and antibody complex |
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要素 |
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-超分子 #1: CENP-A nucleosome and antibody complex
超分子 | 名称: CENP-A nucleosome and antibody complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: Histone H3-like centromeric protein A
分子 | 名称: Histone H3-like centromeric protein A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 18.038818 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH SSGLPRSHMG PRRRSRKPEA PRRRSPSPTP TPGPSRRGPS LGASSHQHSR RRQGWLKEIR KLQKSTHLLI RKLPFSRLA REICVKFTRG VDFNWQAQAL LALQEAAEAF LVHLFEDAYL LTLHAGRVTL FPKDVQLARR IRGLEEGLG |
-分子 #2: Histone H4
分子 | 名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.394426 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVY ALKRQGRTLY GFGG |
-分子 #3: Histone H2A type 1-B/E
分子 | 名称: Histone H2A type 1-B/E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 14.165551 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSGRGKQGGK ARAKAKTRSS RAGLQFPVGR VHRLLRKGNY SERVGAGAPV YLAAVLEYLT AEILELAGNA ARDNKKTRII PRHLQLAIR NDEELNKLLG RVTIAQGGVL PNIQAVLLPK KTESHHKAKG K |
-分子 #4: Histone H2B type 1-J
分子 | 名称: Histone H2B type 1-J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 13.935239 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MPEPAKSAPA PKKGSKKAVT KAQKKDGKKR KRSRKESYSI YVYKVLKQVH PDTGISSKAM GIMNSFVNDI FERIAGEASR LAHYNKRST ITSREIQTAV RLLLPGELAK HAVSEGTKAV TKYTSAK |
-分子 #7: scFv
分子 | 名称: scFv / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 29.030146 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKSSHHHHHH ENLYFQSNAM EVQLQQSGPE LVEPGTSVKM PCKASGYTFT SYTIQWVKQT PRQGLEWIGY IYPYNAGTKY NEKFKGKAT LTSDKSSSTV YMELSSLTSE DSAVYYCARK SSRLRSTLDY WGQGTSVTVS SGGGGSGGGG SGGGGSMDIK M TQSPSSMH ...文字列: MKSSHHHHHH ENLYFQSNAM EVQLQQSGPE LVEPGTSVKM PCKASGYTFT SYTIQWVKQT PRQGLEWIGY IYPYNAGTKY NEKFKGKAT LTSDKSSSTV YMELSSLTSE DSAVYYCARK SSRLRSTLDY WGQGTSVTVS SGGGGSGGGG SGGGGSMDIK M TQSPSSMH ASLGERVTIT CKASQDIRSY LSWYQQKPWK SPKTLIYYAT SLADGVPSRF SGSGSGQDFS LTINNLESDD TA TYYCLQH GESPYTFGSG TKLEIKRA |
-分子 #5: DNA (145-MER)
分子 | 名称: DNA (145-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 44.539535 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC) (DA)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA) (DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG) (DG) (DA)(DA)(DA)(DC)(DT) ...文字列: (DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC) (DA)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA) (DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG) (DG) (DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT) (DC)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG) (DG)(DC) (DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA) (DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DG) (DT)(DG)(DA) (DA)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC) (DA)(DT)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA) (DA)(DG)(DA)(DA) (DT)(DA)(DT)(DT)(DC) (DT)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DG)(DC)(DT) (DT)(DC)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DG)(DC) (DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DG) (DA)(DA)(DC)(DT)(DT)(DC) (DC)(DT)(DG) (DA)(DT) |
-分子 #6: DNA (145-MER)
分子 | 名称: DNA (145-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 44.948793 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DA)(DG)(DT) (DT)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DG) (DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC) (DA) (DG)(DA)(DA)(DT)(DA) ...文字列: (DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DA)(DG)(DT) (DT)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DG) (DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC) (DA) (DG)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DC) (DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DA) (DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC) (DA)(DC)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DA)(DG) (DC)(DT)(DG) (DA)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG) (DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DC) (DA)(DG)(DT)(DT)(DT) (DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC) (DT)(DT)(DT)(DT)(DG) (DG)(DT)(DA)(DG) (DA)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG) (DT)(DG)(DG)(DA)(DT)(DA) (DT)(DT)(DG) (DA)(DT) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 70 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 2.5 sec before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-38 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1416 / 平均露光時間: 15.2 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 詳細: Images were collected in movie-mode at 38 frames over 15.2 seconds |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |