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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8539 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM map of protofilament of microtubule doublet | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 microtubule-based process / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / 微小管 / hydrolase activity / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Tetrahymena thermophila (真核生物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Ichikawa M / Liu D / Kastritis PL / Basu K / Bui KH | |||||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017 タイトル: Subnanometre-resolution structure of the doublet microtubule reveals new classes of microtubule-associated proteins. 著者: Muneyoshi Ichikawa / Dinan Liu / Panagiotis L Kastritis / Kaustuv Basu / Tzu Chin Hsu / Shunkai Yang / Khanh Huy Bui / 要旨: Cilia are ubiquitous, hair-like appendages found in eukaryotic cells that carry out functions of cell motility and sensory reception. Cilia contain an intriguing cytoskeletal structure, termed the ...Cilia are ubiquitous, hair-like appendages found in eukaryotic cells that carry out functions of cell motility and sensory reception. Cilia contain an intriguing cytoskeletal structure, termed the axoneme that consists of nine doublet microtubules radially interlinked and longitudinally organized in multiple specific repeat units. Little is known, however, about how the axoneme allows cilia to be both actively bendable and sturdy or how it is assembled. To answer these questions, we used cryo-electron microscopy to structurally analyse several of the repeating units of the doublet at sub-nanometre resolution. This structural detail enables us to unambiguously assign α- and β-tubulins in the doublet microtubule lattice. Our study demonstrates the existence of an inner sheath composed of different kinds of microtubule inner proteins inside the doublet that likely stabilizes the structure and facilitates the specific building of the B-tubule. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8539.map.gz | 2.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8539-v30.xml emd-8539.xml | 16.2 KB 16.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8539.png | 108.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8539 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8539 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8539.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.375 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Protofilament from ciliary microtubule doublet
全体 | 名称: Protofilament from ciliary microtubule doublet微小管 |
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要素 |
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-超分子 #1: Protofilament from ciliary microtubule doublet
超分子 | 名称: Protofilament from ciliary microtubule doublet / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 |
-分子 #1: Tubulin alpha chain
分子 | 名称: Tubulin alpha chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) |
分子量 | 理論値: 48.788254 KDa |
配列 | 文字列: MREVISIHVG QGGIQVGNAC WELFCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDAFN TFFSETGAGK HVPRAVFLDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLISGKEDA ANNFARGHYT IGKEIVDLCL DRIRKLADNC TGLQGFLVFN SVGGGTGSGL GSLLLERLSV D YGKKSKLG ...文字列: MREVISIHVG QGGIQVGNAC WELFCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDAFN TFFSETGAGK HVPRAVFLDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLISGKEDA ANNFARGHYT IGKEIVDLCL DRIRKLADNC TGLQGFLVFN SVGGGTGSGL GSLLLERLSV D YGKKSKLG FTIYPSPQVS TAVVEPYNSI LSTHSLLEHT DVAVMLDNEA IYDICRRNLD IERPTYTNLN RLIAQVISSL TA SLRFDGA LNVDITEFQT NLVPYPRIHF MLSSYAPIIS AEKAYHEQLS VAEITNSAFE PANMMAKCDP RHGKYMACSM MYR GDVVPK DVNASIATIK TKRTIQFVDW CPTGFKVGIN YQPPTVVPGG DLAKVMRAVC MISNSTAIAE VFSRLDHKFD LMYA KRAFV HWYVGEGMEE GEFSEAREDL AALEKDYEEV GIETAE |
-分子 #2: Tubulin beta chain
分子 | 名称: Tubulin beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) |
分子量 | 理論値: 48.009199 KDa |
配列 | 文字列: MREIVHIQGG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGTYHGDS DLQLERINVY YNEATGGRYV PRAILMDLEP GTMDSVRAGP FGQLFRPDN FVFGQTGAGN NWAKGHYTEG AELIDSVLDV VRKEAEGCDC LQGFQITHSL GGGTGSGMGT LLISKVREEY P DRIMETFS ...文字列: MREIVHIQGG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGTYHGDS DLQLERINVY YNEATGGRYV PRAILMDLEP GTMDSVRAGP FGQLFRPDN FVFGQTGAGN NWAKGHYTEG AELIDSVLDV VRKEAEGCDC LQGFQITHSL GGGTGSGMGT LLISKVREEY P DRIMETFS VVPSPKVSDT VVEPYNATLS VHQLVENADE CMVIDNEALY DICFRTLKLT TPTYGDLNHL VSAAMSGVTC CL RFPGQLN SDLRKLAVNL IPFPRLHFFM IGFAPLTSRG SQQYRALTVP ELTQQMFDAK NMMCAADPRH GRYLTASALF RGR MSTKEV DEQMLNVQNK NSSYFVEWIP NNIKSSICDI PPKGLKMAVT FVGNSTAIQE MFKRVAEQFT AMFRRKAFLH WYTG EGMDE MEFTEAESNM NDLVSEYQQY QDAT |
-分子 #3: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: GTP |
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分子量 | 理論値: 523.18 Da |
Chemical component information | ChemComp-GTP: |
-分子 #4: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #5: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: GDP |
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分子量 | 理論値: 443.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-GDP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot force 3 for 5 seconds. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-7 / 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 5983 / 平均露光時間: 1.4 sec. / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 127428 |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND4 |
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
初期 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: MATLAB / 詳細: Geometry calculated from the microtubule doublet |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: AV3 / 詳細: Alignment using Tom AV3 software |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: AV3 詳細: 23 boxes of the protofilament are boxed out from the doublet map (EMD-8528), aligned and averaged using subtomogram averaging software. 使用した粒子像数: 23 |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: BACKBONE TRACE / 当てはまり具合の基準: minimization global |
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得られたモデル | PDB-5ucy: |