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万見
- EMDB-8408: Cryo-EM reconstruction of the yeast kinesin-5, Cin8, bound to GDP... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8408
タイトルCryo-EM reconstruction of the yeast kinesin-5, Cin8, bound to GDP-taxol microtubules in ADP-AlFx state
マップデータ3D helical reconstruction of Cin8 motor domain in ADP-AlFx state bound to microtubule using cryo-EM
試料
  • 複合体: Microtubule-bound kinesin-5 Cin8 in ADP-AlFx state
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.3 Å
データ登録者Cha HK
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2017
タイトル: The yeast kinesin-5 Cin8 interacts with the microtubule in a noncanonical manner.
著者: Kayla M Bell / Hyo Keun Cha / Charles V Sindelar / Jared C Cochran /
要旨: Kinesin motors play central roles in establishing and maintaining the mitotic spindle during cell division. Unlike most other kinesins, Cin8, a kinesin-5 motor in can move bidirectionally along ...Kinesin motors play central roles in establishing and maintaining the mitotic spindle during cell division. Unlike most other kinesins, Cin8, a kinesin-5 motor in can move bidirectionally along microtubules, switching directionality according to biochemical conditions, a behavior that remains largely unexplained. To this end, we used biochemical rate and equilibrium constant measurements as well as cryo-electron microscopy methodologies to investigate the microtubule interactions of the Cin8 motor domain. These experiments unexpectedly revealed that, whereas Cin8 ATPase kinetics fell within measured ranges for kinesins (especially kinesin-5 proteins), approximately four motors can bind each αβ-tubulin dimer within the microtubule lattice. This result contrasted with those observations on other known kinesins, which can bind only a single "canonical" site per tubulin dimer. Competition assays with human kinesin-5 (Eg5) only partially abrogated this behavior, indicating that Cin8 binds microtubules not only at the canonical site, but also one or more separate ("noncanonical") sites. Moreover, we found that deleting the large, class-specific insert in the microtubule-binding loop 8 reverts Cin8 to one motor per αβ-tubulin in the microtubule. The novel microtubule-binding mode of Cin8 identified here provides a potential explanation for Cin8 clustering along microtubules and potentially may contribute to the mechanism for direction reversal.
履歴
登録2016年10月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年10月12日-
マップ公開2017年7月26日-
更新2017年9月13日-
現状2017年9月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0957
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8408.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8408.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D helical reconstruction of Cin8 motor domain in ADP-AlFx state bound to microtubule using cryo-EM
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.49402 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0957 / ムービー #1: 0.0957
最小 - 最大0. - 0.21301804
平均 (標準偏差)0.0074020033 (±0.024142148)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-140-140-140
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 698.3256 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.49402142857142.49402142857142.4940214285714
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z698.326698.326698.326
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-140-140-140
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean0.0000.2130.007

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Microtubule-bound kinesin-5 Cin8 in ADP-AlFx state

全体名称: Microtubule-bound kinesin-5 Cin8 in ADP-AlFx state
要素
  • 複合体: Microtubule-bound kinesin-5 Cin8 in ADP-AlFx state

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超分子 #1: Microtubule-bound kinesin-5 Cin8 in ADP-AlFx state

超分子名称: Microtubule-bound kinesin-5 Cin8 in ADP-AlFx state / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Cin8-his monomer (residues 70-535) Taxol-stabilized microtubules
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換細胞: B834(DE3) / 組換プラスミド: pET16b

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 6.8
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMPIPESpiperazine-N,N-bis
25.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
2.0 mMMgCl2magnesium chloride
1.0 mMEGTAEthylene glycol-bis(2-aminoethylether)-N,N,N,N-tetraacetic acid

詳細: adjusted to pH 6.8 with KOH
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.71 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND3
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: SPIDER
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 9.455 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -25.77 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN / 使用した粒子像数: 2282
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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