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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8362 | ||||||||||||
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タイトル | Nmd3 is a structural mimic of eIF5A, and activates the cpGTPase Lsg1 during 60S ribosome biogenesis: 60S-Nmd3-Tif6-Lsg1 Complex | ||||||||||||
マップデータ | Nmd3 is a structural mimic of eIF5A, and activates the cpGTPase Lsg1 during 60S ribosome biogenesis: 60S-Nmd3-Tif6-Lsg1 Complex | ||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 mating projection tip / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / response to cycloheximide / maturation of 5.8S rRNA / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / ribosomal large subunit binding / Formation of a pool of free 40S subunits ...mating projection tip / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / response to cycloheximide / maturation of 5.8S rRNA / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / ribosomal large subunit binding / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / preribosome, large subunit precursor / translational elongation / ribosomal large subunit export from nucleus / protein-RNA complex assembly / regulation of translational fidelity / ribosomal subunit export from nucleus / translational termination / translation initiation factor activity / maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / ribosomal large subunit biogenesis / translational initiation / macroautophagy / maintenance of translational fidelity / modification-dependent protein catabolic process / rRNA processing / protein tag activity / protein transport / ribosome biogenesis / protein-macromolecule adaptor activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / GTPase activity / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / GTP binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) / Baker's yeast (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Malyutin AG / Musalgaonkar S / Patchett S / Frank J / Johnson AW | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2017 タイトル: Nmd3 is a structural mimic of eIF5A, and activates the cpGTPase Lsg1 during 60S ribosome biogenesis. 著者: Andrey G Malyutin / Sharmishtha Musalgaonkar / Stephanie Patchett / Joachim Frank / Arlen W Johnson / 要旨: During ribosome biogenesis in eukaryotes, nascent subunits are exported to the cytoplasm in a functionally inactive state. 60S subunits are activated through a series of cytoplasmic maturation events. ...During ribosome biogenesis in eukaryotes, nascent subunits are exported to the cytoplasm in a functionally inactive state. 60S subunits are activated through a series of cytoplasmic maturation events. The last known events in the cytoplasm are the release of Tif6 by Efl1 and Sdo1 and the release of the export adapter, Nmd3, by the GTPase Lsg1. Here, we have used cryo-electron microscopy to determine the structure of the 60S subunit bound by Nmd3, Lsg1, and Tif6. We find that a central domain of Nmd3 mimics the translation elongation factor eIF5A, inserting into the E site of the ribosome and pulling the L1 stalk into a closed position. Additional domains occupy the P site and extend toward the sarcin-ricin loop to interact with Tif6. Nmd3 and Lsg1 together embrace helix 69 of the B2a intersubunit bridge, inducing base flipping that we suggest may activate the GTPase activity of Lsg1. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8362.map.gz | 21.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8362-v30.xml emd-8362.xml | 86.6 KB 86.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_8362_fsc_1.xml emd_8362_fsc_2.xml | 12.6 KB 11.2 KB | 表示 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_8362_1.png emd_8362_2.png | 242.4 KB 200.4 KB | ||
その他 | emd_8362_additional.map.gz emd_8362_half_map_1.map.gz emd_8362_half_map_2.map.gz | 14.1 MB 140.9 MB 140.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8362 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8362 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8362_validation.pdf.gz | 188.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8362_full_validation.pdf.gz | 188.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8362_validation.xml.gz | 502 B | 表示 | |
CIF形式データ | emd_8362_validation.cif.gz | 371 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8362 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8362 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8362.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Nmd3 is a structural mimic of eIF5A, and activates the cpGTPase Lsg1 during 60S ribosome biogenesis: 60S-Nmd3-Tif6-Lsg1 Complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.09 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Nmd3 is a structural mimic of eIF5A, and...
ファイル | emd_8362_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Nmd3 is a structural mimic of eIF5A, and activates the cpGTPase Lsg1 during 60S ribosome biogenesis: 60S-Nmd3-Tif6-Lsg1 Complex | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Nmd3 is a structural mimic of eIF5A, and...
ファイル | emd_8362_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Nmd3 is a structural mimic of eIF5A, and activates the cpGTPase Lsg1 during 60S ribosome biogenesis: 60S-Nmd3-Tif6-Lsg1 Complex | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Nmd3 is a structural mimic of eIF5A, and...
ファイル | emd_8362_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Nmd3 is a structural mimic of eIF5A, and activates the cpGTPase Lsg1 during 60S ribosome biogenesis: 60S-Nmd3-Tif6-Lsg1 Complex | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : 60S in complex with Nmd3, Lsg1, and Tif6
+超分子 #1: 60S in complex with Nmd3, Lsg1, and Tif6
+超分子 #2: 60S-Nmd3-Tif6-Lsg1 complex with focus on Nmd3
+分子 #1: Eukaryotic translation initiation factor 6
+分子 #5: 60S ribosomal protein L2-A
+分子 #6: 60S ribosomal protein L3
+分子 #7: 60S ribosomal protein L4-A
+分子 #8: 60S ribosomal protein L5
+分子 #9: 60S ribosomal protein L6-A
+分子 #10: 60S ribosomal protein L7-A
+分子 #11: 60S ribosomal protein L8-A
+分子 #12: 60S ribosomal protein L9-A
+分子 #13: 60S ribosomal protein L10
+分子 #14: 60S ribosomal protein L11-A
+分子 #15: 60S ribosomal protein L13-A
+分子 #16: 60S ribosomal protein L14-A
+分子 #17: 60S ribosomal protein L15-A
+分子 #18: 60S ribosomal protein L16-A
+分子 #19: 60S ribosomal protein L17-A
+分子 #20: 60S ribosomal protein L18-A
+分子 #21: 60S ribosomal protein L19-A
+分子 #22: 60S ribosomal protein L20-A
+分子 #23: 60S ribosomal protein L21-A
+分子 #24: 60S ribosomal protein L22-A
+分子 #25: 60S ribosomal protein L23-A
+分子 #26: 60S ribosomal protein L24-A
+分子 #27: 60S ribosomal protein L25
+分子 #28: 60S ribosomal protein L26-A
+分子 #29: 60S ribosomal protein L27-A
+分子 #30: 60S ribosomal protein L28
+分子 #31: 60S ribosomal protein L29
+分子 #32: 60S ribosomal protein L30
+分子 #33: 60S ribosomal protein L31-A
+分子 #34: 60S ribosomal protein L32
+分子 #35: 60S ribosomal protein L33-A
+分子 #36: 60S ribosomal protein L34-A
+分子 #37: 60S ribosomal protein L35-A
+分子 #38: 60S ribosomal protein L36-A
+分子 #39: 60S ribosomal protein L37-A
+分子 #40: 60S ribosomal protein L38
+分子 #41: 60S ribosomal protein L39
+分子 #42: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
+分子 #43: 60S ribosomal protein L42-A
+分子 #44: 60S ribosomal protein L43-A
+分子 #45: Ribosomal Protein uL1
+分子 #46: 60S ribosomal export protein NMD3
+分子 #47: Large subunit GTPase 1
+分子 #2: 25S Ribosomal RNA
+分子 #3: 5S Ribosomal RNA
+分子 #4: 5.8S Ribosomal RNA
+分子 #48: MAGNESIUM ION
+分子 #49: POTASSIUM ION
+分子 #50: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
+分子 #51: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製 #1
Preparation ID | 1 |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Made in lab / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 詳細: 10W |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-試料調製 #2
Preparation ID | 2 |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Made in lab / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 詳細: 10W |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法 #1
Microscopy ID | 1 |
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顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
撮影 | Image recording ID: 1 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 30.0 µm / 倍率(補正後): 31000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 27000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
-電子顕微鏡法 #1~
Microscopy ID | 1 |
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顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
撮影 | Image recording ID: 2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 59.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析 #1
+画像解析 #2
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: OTHER |
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得られたモデル | PDB-5t62: |